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内距离及相关方法在分子进化和宏基因组中的应用
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谢显华 湘潭大学 摘要：传统的构建系统发育树的方法依赖于序列比对。但是序列比对的方法有许多不足:共有基因的选择具有一定的随意性;核苷酸和氨基酸打分矩阵没有统一的标准;对于进化距离较远的序列的比对可能失效;计算复杂度较高,特别是对于多重序列的最优比对计算仍然是一个NP难题。在基因组时代,人们希望能利用物种的全基因组序列信息重构系统发育树。内核苷酸距离是DNA数值化表示的一种方法,本文受内核苷酸距离思想的启示,提出内氨基酸距离和新的内核苷酸距离,并将其应用于生物系统发育树和宏基因组的研究中。本文主要内容如下:第一,我们定义内氨基酸距离并将其应用于分子系统发育树的构建中,主要集中在利用全蛋白质组基于内氨基酸距离方法进行系统发育分析。我们首先将全蛋白质组转换为内氨基酸距离向量,并称其为观测内氨基酸距离向量;然后,提出利用条件几何分布列(由氨基酸随机且相互独立产生的序列的内氨基酸距离的分布)作为参考分布列;最后,计算观测分布和参考分布之间的相对偏差,从而用其定义反映不同物种全蛋白质组之间系统发育关系的距离度量。我们将该方法命名为“内氨基酸距离和条件几何分布列”(inter-amino-acid distances and... 更多 关键词： 系统发育树;无比对方法;内核苷酸距离;内氨基酸距离;条件几何分布; 专辑： 基础科学 专题： 生物学 分类号： Q75 导师： 喻祖国 学科专业： 统计学 博士电子期刊出版信息： 年期：2018年第01期 网络出版时间：2017-12-16—2018-01-15 |
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