The Plant PTM Viewer 2.0: in-depth exploration of plant protein modification landscapes

计算生物学 拟南芥 生物 植物种类 拟南芥 植物代谢 生物化学 植物 基因 核糖核酸 突变体
作者
Patrick Willems,Lieven Sterck,Avilien Dard,Jingjing Huang,Ive De Smet,Kris Gevaert,Frank Van Breusegem
出处
期刊:Journal of Experimental Botany [Oxford University Press]
卷期号:75 (15): 4611-4624 被引量:6
标识
DOI:10.1093/jxb/erae270
摘要

Abstract Post-translational modifications (PTMs) greatly increase protein diversity and functionality. To help the plant research community interpret the ever-increasing number of reported PTMs, the Plant PTM Viewer (https://www.psb.ugent.be/PlantPTMViewer) provides an intuitive overview of plant protein PTMs and the tools to assess it. This update includes 62 novel PTM profiling studies, adding a total of 112 000 modified peptides reporting plant PTMs, including 14 additional PTM types and three species (moss, tomato, and soybean). Furthermore, an open modification re-analysis of a large-scale Arabidopsis thaliana mass spectrometry tissue atlas identified previously uncharted landscapes of lysine acylations predominant in seed and flower tissues and 3-phosphoglycerylation on glycolytic enzymes in plants. An extra ‘Protein list analysis’ tool was developed for retrieval and assessing the enrichment of PTMs in a protein list of interest. We conducted a protein list analysis on nuclear proteins, revealing a substantial number of redox modifications in the nucleus, confirming previous assumptions regarding the redox regulation of transcription. We encourage the plant research community to use PTM Viewer 2.0 for hypothesis testing and new target discovery, and also to submit new data to expand the coverage of conditions, plant species, and PTM types, thereby enriching our understanding of plant biology.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
刚刚
2秒前
大模型应助毛豆爸爸采纳,获得10
2秒前
3秒前
4秒前
5秒前
文献搬运工给文献搬运工的求助进行了留言
5秒前
6秒前
6秒前
7秒前
曾金福发布了新的文献求助10
7秒前
orixero应助世界和平采纳,获得10
7秒前
果粒陈应助两张采纳,获得10
7秒前
Gao小白完成签到,获得积分10
8秒前
8秒前
xiaoting发布了新的文献求助10
8秒前
科研通AI2S应助应夏山采纳,获得10
10秒前
任性的水风完成签到,获得积分10
11秒前
天真博完成签到,获得积分10
12秒前
13秒前
田様应助吃皮采纳,获得10
13秒前
朱朱子发布了新的文献求助10
13秒前
高高的凡之完成签到,获得积分10
14秒前
汉堡包应助彭应珍采纳,获得10
15秒前
16秒前
一一应助刘仁轨采纳,获得10
17秒前
18秒前
19秒前
情怀应助天真博采纳,获得10
19秒前
共享精神应助oceanic采纳,获得10
22秒前
慕冰蝶发布了新的文献求助10
22秒前
文静的从菡发布了新的文献求助100
22秒前
在水一方应助考拉采纳,获得30
22秒前
娜娜完成签到 ,获得积分10
23秒前
夜雨声烦发布了新的文献求助10
23秒前
哈人的猫发布了新的文献求助10
24秒前
孤独代亦完成签到,获得积分10
25秒前
26秒前
11完成签到,获得积分10
26秒前
zhang08发布了新的文献求助10
26秒前
高分求助中
歯科矯正学 第7版(或第5版) 1004
Semiconductor Process Reliability in Practice 1000
Smart but Scattered: The Revolutionary Executive Skills Approach to Helping Kids Reach Their Potential (第二版) 1000
Nickel superalloy market size, share, growth, trends, and forecast 2023-2030 600
GROUP-THEORY AND POLARIZATION ALGEBRA 500
Mesopotamian divination texts : conversing with the gods : sources from the first millennium BCE 500
Days of Transition. The Parsi Death Rituals(2011) 500
热门求助领域 (近24小时)
化学 医学 生物 材料科学 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 基因 遗传学 催化作用 物理化学 免疫学 量子力学 细胞生物学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3233988
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2880400
关于积分的说明 8215350
捐赠科研通 2547939
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1377363
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 647856
邀请新用户注册赠送积分活动 623248