Detecting DNA cytosine methylation using nanopore sequencing

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作者
Jared T. Simpson,Rachael E. Workman,Philip C. Zuzarte,Matei David,Lewis Jonathan Dursi,Winston Timp
出处
期刊:Nature Methods [Springer Nature]
卷期号:14 (4): 407-410 被引量:919
标识
DOI:10.1038/nmeth.4184
摘要

A hidden Markov model (HMM)-based tool enables detection of 5-methylcytosine (5-mC) from single-molecule nanopore-sequencing data generated directly from human genomic DNA without chemical treatment. In nanopore sequencing devices, electrolytic current signals are sensitive to base modifications, such as 5-methylcytosine (5-mC). Here we quantified the strength of this effect for the Oxford Nanopore Technologies MinION sequencer. By using synthetically methylated DNA, we were able to train a hidden Markov model to distinguish 5-mC from unmethylated cytosine. We applied our method to sequence the methylome of human DNA, without requiring special steps for library preparation.
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