Protein–Protein and Protein–Peptide Docking with ClusPro Server

对接(动物) 蛋白质-配体对接 大分子对接 计算机科学 化学 蛋白质结构 生物化学 医学 药物发现 虚拟筛选 护理部
作者
Andrey Alekseenko,Mikhail Ignatov,George Jones,Maria Sabitova,Dima Kozakov
出处
期刊:Methods in molecular biology [Springer Science+Business Media]
卷期号:: 157-174 被引量:29
标识
DOI:10.1007/978-1-0716-0708-4_9
摘要

The process of creating a model of the structure formed by a pair of interacting molecules is commonly referred to as docking. Protein docking is one of the most studied topics in computational and structural biology with applications to drug design and beyond. In this chapter, we describe ClusPro, a web server for protein–protein and protein–peptide docking. As an input, the server requires two Protein Data Bank (PDB) files (protein–protein mode) or a PDB file for the protein and a sequence for the ligand (protein–peptide mode). Its output consists of ten models of the resulting structure formed by the two objects upon interaction. The server typically produces results in less than 4 h. The server also provides tools (via “Advanced Options” list) for a user to fine-tune the results using any additional knowledge about the interaction process, e.g., small-angle X-ray scattering (SAXS) profile or distance restraints.
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