Investigating Pharmacological Similarity by Charting Chemical Space

化学空间 相似性(几何) 指纹(计算) 空格(标点符号) 可视化 计算机科学 结构相似性 分子描述符 分子 化学相似性 生物系统 数据挖掘 人工智能 化学 数量结构-活动关系 药物发现 机器学习 图像(数学) 生物 有机化学 操作系统 生物化学
作者
Rosa Buonfiglio,Ola Engkvist,Péter L. Várkonyi,Astrid Henz,Elisabet Vikeved,Anders Backlund,Thierry Kogej
出处
期刊:Journal of Chemical Information and Modeling [American Chemical Society]
卷期号:55 (11): 2375-2390 被引量:16
标识
DOI:10.1021/acs.jcim.5b00375
摘要

In this study, biologically relevant areas of the chemical space were analyzed using ChemGPS-NP. This application enables comparing groups of ligands within a multidimensional space based on principle components derived from physicochemical descriptors. Also, 3D visualization of the ChemGPS-NP global map can be used to conveniently evaluate bioactive compound similarity and visually distinguish between different types or groups of compounds. To further establish ChemGPS-NP as a method to accurately represent the chemical space, a comparison with structure-based fingerprint has been performed. Interesting complementarities between the two descriptions of molecules were observed. It has been shown that the accuracy of describing molecules with physicochemical descriptors like in ChemGPS-NP is similar to the accuracy of structural fingerprints in retrieving bioactive molecules. Lastly, pharmacological similarity of structurally diverse compounds has been investigated in ChemGPS-NP space. These results further strengthen the case of using ChemGPS-NP as a tool to explore and visualize chemical space.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
炝拌维C完成签到 ,获得积分10
刚刚
派大珊发布了新的文献求助10
1秒前
Cooby完成签到,获得积分10
1秒前
上官若男应助包子妹妹采纳,获得10
2秒前
kk发布了新的文献求助10
2秒前
十六发布了新的文献求助10
3秒前
珂珂儿完成签到,获得积分20
3秒前
刻苦映波发布了新的文献求助10
3秒前
4秒前
4秒前
罗_应助ms采纳,获得10
4秒前
土豆完成签到 ,获得积分10
4秒前
传奇3应助郭翔采纳,获得10
4秒前
大力发布了新的文献求助10
6秒前
6秒前
Michaelialzm发布了新的文献求助20
7秒前
假面绅士发布了新的文献求助10
7秒前
乐正向东完成签到,获得积分10
7秒前
万能图书馆应助十六采纳,获得10
8秒前
小巧的寻凝完成签到,获得积分10
9秒前
sywkamw发布了新的文献求助10
10秒前
嗯哼应助汤圆采纳,获得20
10秒前
10秒前
10秒前
汉堡包应助ckl采纳,获得10
11秒前
11秒前
停摆的指针应助三十块采纳,获得10
13秒前
科研小白完成签到,获得积分10
14秒前
刘金泽完成签到,获得积分10
14秒前
调研昵称发布了新的文献求助10
14秒前
ZS发布了新的文献求助10
15秒前
假面绅士发布了新的文献求助10
15秒前
SAW完成签到,获得积分10
16秒前
耍酷花卷完成签到,获得积分10
16秒前
gslscuer发布了新的文献求助10
17秒前
大个应助weiling采纳,获得10
17秒前
ddd完成签到,获得积分10
18秒前
十六完成签到,获得积分20
19秒前
19秒前
19秒前
高分求助中
The ACS Guide to Scholarly Communication 2500
Sustainability in Tides Chemistry 2000
Studien zur Ideengeschichte der Gesetzgebung 1000
TM 5-855-1(Fundamentals of protective design for conventional weapons) 1000
Threaded Harmony: A Sustainable Approach to Fashion 810
Pharmacogenomics: Applications to Patient Care, Third Edition 800
Genera Insectorum: Mantodea, Fam. Mantidæ, Subfam. Hymenopodinæ (Classic Reprint) 500
热门求助领域 (近24小时)
化学 医学 生物 材料科学 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 基因 遗传学 催化作用 物理化学 免疫学 量子力学 细胞生物学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3082743
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2736027
关于积分的说明 7539806
捐赠科研通 2385554
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1264970
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 612857
版权声明 597685