A coarse-grained model for the simulations of biomolecular interactions in cellular environments

扩散 生物系统 生物物理学 分子动力学 化学 菲克扩散定律 受体-配体动力学 化学物理 受体 物理 生物 热力学 计算化学 生物化学
作者
Zhong‐Ru Xie,Jiawen Chen,Yinghao Wu
出处
期刊:Journal of Chemical Physics [American Institute of Physics]
卷期号:140 (5) 被引量:35
标识
DOI:10.1063/1.4863992
摘要

The interactions of bio-molecules constitute the key steps of cellular functions. However, in vivo binding properties differ significantly from their in vitro measurements due to the heterogeneity of cellular environments. Here we introduce a coarse-grained model based on rigid-body representation to study how factors such as cellular crowding and membrane confinement affect molecular binding. The macroscopic parameters such as the equilibrium constant and the kinetic rate constant are calibrated by adjusting the microscopic coefficients used in the numerical simulations. By changing these model parameters that are experimentally approachable, we are able to study the kinetic and thermodynamic properties of molecular binding, as well as the effects caused by specific cellular environments. We investigate the volumetric effects of crowded intracellular space on bio-molecular diffusion and diffusion-limited reactions. Furthermore, the binding constants of membrane proteins are currently difficult to measure. We provide quantitative estimations about how the binding of membrane proteins deviates from soluble proteins under different degrees of membrane confinements. The simulation results provide biological insights to the functions of membrane receptors on cell surfaces. Overall, our studies establish a connection between the details of molecular interactions and the heterogeneity of cellular environments.
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