Complex genome assembly based on long-read sequencing

基因组 顺序装配 生物 计算生物学 基因组学 基因组计划 DNA测序 杂交基因组组装 遗传学 比较基因组学 基因 基因表达 转录组
作者
Tianjiao Zhang,Zhou Jie,Wentao Gao,Yuran Jia,Yanan Wei,Guohua Wang
出处
期刊:Briefings in Bioinformatics [Oxford University Press]
卷期号:23 (5) 被引量:15
标识
DOI:10.1093/bib/bbac305
摘要

High-quality genome chromosome-scale sequences provide an important basis for genomics downstream analysis, especially the construction of haplotype-resolved and complete genomes, which plays a key role in genome annotation, mutation detection, evolutionary analysis, gene function research, comparative genomics and other aspects. However, genome-wide short-read sequencing is difficult to produce a complete genome in the face of a complex genome with high duplication and multiple heterozygosity. The emergence of long-read sequencing technology has greatly improved the integrity of complex genome assembly. We review a variety of computational methods for complex genome assembly and describe in detail the theories, innovations and shortcomings of collapsed, semi-collapsed and uncollapsed assemblers based on long reads. Among the three methods, uncollapsed assembly is the most correct and complete way to represent genomes. In addition, genome assembly is closely related to haplotype reconstruction, that is uncollapsed assembly realizes haplotype reconstruction, and haplotype reconstruction promotes uncollapsed assembly. We hope that gapless, telomere-to-telomere and accurate assembly of complex genomes can be truly routinely achieved using only a simple process or a single tool in the future.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
量子星尘发布了新的文献求助10
刚刚
jeeya完成签到,获得积分10
1秒前
3秒前
科目三应助科研通管家采纳,获得10
3秒前
科目三应助科研通管家采纳,获得10
3秒前
伦语发布了新的文献求助10
3秒前
顾矜应助科研通管家采纳,获得10
3秒前
xuzj应助科研通管家采纳,获得10
3秒前
xuzj应助科研通管家采纳,获得10
3秒前
3秒前
NexusExplorer应助科研通管家采纳,获得10
3秒前
3秒前
3秒前
丘比特应助科研通管家采纳,获得10
4秒前
yull完成签到,获得积分10
4秒前
小巧书雪完成签到,获得积分10
7秒前
大大怪将军完成签到,获得积分10
8秒前
哈哈哈完成签到 ,获得积分0
8秒前
小怪完成签到,获得积分10
9秒前
爱吃泡芙完成签到,获得积分10
10秒前
白桃战士完成签到,获得积分10
11秒前
13秒前
qingchenwuhou完成签到 ,获得积分10
13秒前
XXX完成签到,获得积分10
14秒前
锡嘻完成签到 ,获得积分10
14秒前
15秒前
彗星入梦完成签到 ,获得积分10
15秒前
恋恋青葡萄完成签到,获得积分10
15秒前
隐形万言完成签到,获得积分10
17秒前
Time完成签到,获得积分10
17秒前
土木研学僧完成签到,获得积分10
18秒前
yjy完成签到 ,获得积分10
18秒前
A溶大美噶完成签到,获得积分10
18秒前
yar应助萨尔莫斯采纳,获得10
19秒前
Will发布了新的文献求助10
19秒前
美好的鹏笑完成签到,获得积分10
21秒前
啦啦啦啦啦完成签到,获得积分10
21秒前
LYegoist完成签到,获得积分10
23秒前
可爱的小丸子完成签到,获得积分10
23秒前
一川烟叶完成签到,获得积分10
25秒前
高分求助中
【提示信息,请勿应助】关于scihub 10000
Les Mantodea de Guyane: Insecta, Polyneoptera [The Mantids of French Guiana] 3000
徐淮辽南地区新元古代叠层石及生物地层 3000
The Mother of All Tableaux: Order, Equivalence, and Geometry in the Large-scale Structure of Optimality Theory 3000
Handbook of Industrial Diamonds.Vol2 1100
Global Eyelash Assessment scale (GEA) 1000
Picture Books with Same-sex Parented Families: Unintentional Censorship 550
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 4038201
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3575940
关于积分的说明 11373987
捐赠科研通 3305747
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1819274
邀请新用户注册赠送积分活动 892662
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 815022