Quantification of absolute transcription factor binding affinities in the native chromatin context using BANC-seq

转录因子 生物 亲缘关系 染色质 DNA结合位点 遗传学 结合位点 DNA结合蛋白 抄写(语言学) 发起人 计算生物学 DNA 基因 基因表达 生物化学 哲学 语言学
作者
Hannah K. Neikes,Katarzyna W. Kliza,Cathrin Gräwe,Roelof A. Wester,Pascal W.T.C. Jansen,Lieke A. Lamers,Marijke P. Baltissen,Simon J. van Heeringen,Colin Logie,Sarah A. Teichmann,Rik G.H. Lindeboom,Michiel Vermeulen
出处
期刊:Nature Biotechnology [Nature Portfolio]
卷期号:41 (12): 1801-1809 被引量:15
标识
DOI:10.1038/s41587-023-01715-w
摘要

Transcription factor binding across the genome is regulated by DNA sequence and chromatin features. However, it is not yet possible to quantify the impact of chromatin context on transcription factor binding affinities. Here, we report a method called binding affinities to native chromatin by sequencing (BANC-seq) to determine absolute apparent binding affinities of transcription factors to native DNA across the genome. In BANC-seq, a concentration range of a tagged transcription factor is added to isolated nuclei. Concentration-dependent binding is then measured per sample to quantify apparent binding affinities across the genome. BANC-seq adds a quantitative dimension to transcription factor biology, which enables stratification of genomic targets based on transcription factor concentration and prediction of transcription factor binding sites under non-physiological conditions, such as disease-associated overexpression of (onco)genes. Notably, whereas consensus DNA binding motifs for transcription factors are important to establish high-affinity binding sites, these motifs are not always strictly required to generate nanomolar-affinity interactions in the genome.
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