Ballgown bridges the gap between transcriptome assembly and expression analysis

转录组 计算生物学 表达式(计算机科学) 生物 细胞生物学 基因表达 计算机科学 遗传学 基因 程序设计语言
作者
Alyssa C. Frazee,Geo Pertea,Andrew E. Jaffe,Ben Langmead,Steven L. Salzberg,Jeffrey T. Leek
出处
期刊:Nature Biotechnology [Nature Portfolio]
卷期号:33 (3): 243-246 被引量:735
标识
DOI:10.1038/nbt.3172
摘要

We have built a statistical package called Ballgown for estimating differential expression of genes, transcripts, or exons from RNA sequencing experiments. Ballgown is designed to work with the popular Cufflinks transcript assembly software and uses well-motivated statistical methods to provide estimates of changes in expression. It permits statistical analysis at the transcript level for a wide variety of experimental designs, allows adjustment for confounders, and handles studies with continuous covariates. Ballgown provides improved statistical significance estimates as compared to the Cuffdiff differential expression tool included with Cufflinks. We demonstrate the flexibility of the Ballgown package by re-analyzing 667 samples from the GEUVADIS study to identify transcript-level eQTLs and identify non-linear artifacts in transcript data. Our package is freely available from: https://github.com/alyssafrazee/ballgown
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