MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput

水准点(测量) 多序列比对 生物 计算机科学 秩(图论) 序列比对 源代码 树(集合论) 数学 组合数学 大地测量学 生物化学 基因 操作系统 肽序列 地理
作者
Robert C. Edgar
出处
期刊:Nucleic Acids Research [Oxford University Press]
卷期号:32 (5): 1792-1797 被引量:39729
标识
DOI:10.1093/nar/gkh340
摘要

We describe MUSCLE, a new computer program for creating multiple alignments of protein sequences. Elements of the algorithm include fast distance estimation using kmer counting, progressive alignment using a new profile function we call the log-expectation score, and refinement using tree-dependent restricted partitioning. The speed and accuracy of MUSCLE are compared with T-Coffee, MAFFT and CLUSTALW on four test sets of reference alignments: BAliBASE, SABmark, SMART and a new benchmark, PREFAB. MUSCLE achieves the highest, or joint highest, rank in accuracy on each of these sets. Without refinement, MUSCLE achieves average accuracy statistically indistinguishable from T-Coffee and MAFFT, and is the fastest of the tested methods for large numbers of sequences, aligning 5000 sequences of average length 350 in 7 min on a current desktop computer. The MUSCLE program, source code and PREFAB test data are freely available at http://www.drive5. com/muscle.
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