Pseudopolymorphs of chelidamic acid and its dimethyl ester

化学 氢键 羧酸盐 分子 吡啶 药物化学 互变异构体 脱质子化 吡啶 溶剂 晶体结构 烷烃立体化学 二甲基亚砜 甲醇 立体化学 结晶学 有机化学 离子
作者
M. Tutughamiarso,T. Pisternick,E. Egert
出处
期刊:Acta Crystallographica Section C-crystal Structure Communications [International Union of Crystallography]
卷期号:68 (9): o344-o350 被引量:7
标识
DOI:10.1107/s0108270112031691
摘要

Different tautomeric and zwitterionic forms of chelidamic acid (4-hydroxypyridine-2,6-dicarboxylic acid) are present in the crystal structures of chelidamic acid methanol monosolvate, C(7)H(5)NO(5)·CH(4)O, (Ia), dimethylammonium chelidamate (dimethylammonium 6-carboxy-4-hydroxypyridine-2-carboxylate), C(2)H(8)N(+)·C(7)H(4)NO(5)(-), (Ib), and chelidamic acid dimethyl sulfoxide monosolvate, C(7)H(5)NO(5)·C(2)H(6)OS, (Ic). While the zwitterionic pyridinium carboxylate in (Ia) can be explained from the pK(a) values, a (partially) deprotonated hydroxy group in the presence of a neutral carboxy group, as observed in (Ib) and (Ic), is unexpected. In (Ib), there are two formula units in the asymmetric unit with the chelidamic acid entities connected by a symmetric O-H···O hydrogen bond. Also, crystals of chelidamic acid dimethyl ester (dimethyl 4-hydroxypyridine-2,6-dicarboxylate) were obtained as a monohydrate, C(9)H(9)NO(5)·H(2)O, (IIa), and as a solvent-free modification, in which both ester molecules adopt the hydroxypyridine form. In (IIa), the solvent water molecule stabilizes the synperiplanar conformation of both carbonyl O atoms with respect to the pyridine N atom by two O-H···O hydrogen bonds, whereas an antiperiplanar arrangement is observed in the water-free structure. A database study and ab initio energy calculations help to compare the stabilities of the various ester conformations.
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