Dual amplification–based ultrasensitive and highly selective colorimetric detection of miRNA

化学 检出限 环介导等温扩增 结扎 邻近连接试验 连接酶连锁反应 肉眼 DNA连接酶 滚动圆复制 焦磷酸盐 多重连接依赖探针扩增 分子生物学 DNA 色谱法 聚合酶链反应 生物化学 基因 DNA聚合酶 生物 受体 多重聚合酶链反应 外显子
作者
Tasnima Alam,Pradeep Kumar,Young Jun Seo
出处
期刊:Talanta [Elsevier]
卷期号:268: 125269-125269 被引量:4
标识
DOI:10.1016/j.talanta.2023.125269
摘要

In this study, we combined a Pradeep Kumar (PK)-probe with a ligation–transcription–ramified RCA (LTR) dual-amplification system for the isothermal colorimetric detection of miRNA 25-3P, where the PK-probe transformed from its pink color to colorless in the presence of the amplification byproduct pyrophosphate (PPi), thereby allowing the simple naked-eye qualitative detection of the miRNA. Through this double-amplification strategy, the limit of detection reached as low as 91.4 aM—quite extraordinary sensitivity for a colorimetric miRNA detection system based on absorbance readings. Our detection system also operated with high specificity, the result of using two different target-selective ligation steps (linear DNA ligation and circular DNA ligation) mediated by SplintR ligase, and so could discriminate single-mismatched from perfectly matched target sequences. We suspect that this ultrasensitive and selective PK-probe/LTR dual-amplification system should be a great colorimetric diagnostic for the detection of any miRNA with high efficiency.
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