Comprehensive non-coding RNA analysis reveals specific lncRNA/circRNA–miRNA–mRNA regulatory networks in the cotton response to drought stress

竞争性内源性RNA 小RNA 生物 计算生物学 非编码RNA 核糖核酸 干旱胁迫 基因 小RNA 遗传学 长非编码RNA 植物
作者
Baoqi Li,Cheng Feng,Wenhao Zhang,Simin Sun,Dandan Yue,Xianlong Zhang,Xiyan Yang
出处
期刊:International Journal of Biological Macromolecules [Elsevier BV]
卷期号:253: 126558-126558 被引量:12
标识
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2023.126558
摘要

Root and leaf are essential organs of plants in sensing and responding to drought stress. However, comparative knowledge of non-coding RNAs (ncRNAs) of root and leaf tissues in the regulation of drought response in cotton is limited. Here, we used deep sequencing data of leaf and root tissues of drought-resistant and drought-sensitive cotton varieties for identifying miRNAs, lncRNAs and circRNAs. A total of 1531 differentially expressed (DE) ncRNAs was identified, including 77 DE miRNAs, 1393 DE lncRNAs and 61 DE circRNAs. The tissue-specific and variety-specific competing endogenous RNA (ceRNA) networks of DE lncRNA-miRNA-mRNA response to drought were constructed. Furthermore, the novel drought-responsive lncRNA 1 (DRL1), specifically and differentially expressed in root, was verified to positively affect phenotypes of cotton seedlings under drought stress, competitively binding to miR477b with GhNAC1 and GhSCL3. In addition, we also constructed another ceRNA network consisting of 18 DE circRNAs, 26 DE miRNAs and 368 DE mRNAs. Fourteen circRNA were characterized, and a novel molecular regulatory system of circ125- miR7484b/miR7450b was proposed under drought stress. Our findings revealed the specificity of ncRNA expression in tissue- and variety-specific patterns involved in the response to drought stress, and uncovered novel regulatory pathways and potentially effective molecules in genetic improvement for crop drought resistance.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
村医完成签到,获得积分10
1秒前
村医发布了新的文献求助30
4秒前
lesyeuxdexx完成签到 ,获得积分10
4秒前
6秒前
科研通AI2S应助义气萝卜头采纳,获得10
6秒前
杨小六发布了新的文献求助10
7秒前
悦耳的亦旋完成签到,获得积分10
7秒前
量子星尘发布了新的文献求助10
8秒前
8秒前
10秒前
11秒前
scichu完成签到,获得积分10
13秒前
whh发布了新的文献求助10
13秒前
夹子方糖发布了新的文献求助10
13秒前
15秒前
15秒前
16秒前
正直摇伽发布了新的文献求助10
18秒前
阿瓒完成签到 ,获得积分20
19秒前
111发布了新的文献求助10
20秒前
20秒前
21秒前
Jasper应助眠茶醒药采纳,获得10
21秒前
23秒前
24秒前
轻轻发布了新的文献求助10
24秒前
四叶曦完成签到 ,获得积分10
24秒前
千寻完成签到 ,获得积分10
25秒前
ASXC完成签到,获得积分20
27秒前
ecoli发布了新的文献求助10
29秒前
慕青应助徐徐采纳,获得10
31秒前
还单身的竺完成签到 ,获得积分10
31秒前
32秒前
搜集达人应助Led采纳,获得10
34秒前
徐5V完成签到,获得积分10
35秒前
孙尉钦完成签到,获得积分10
37秒前
要减肥发布了新的文献求助10
38秒前
调调发布了新的文献求助10
38秒前
nki发布了新的文献求助10
40秒前
42秒前
高分求助中
A new approach to the extrapolation of accelerated life test data 1000
Picture Books with Same-sex Parented Families: Unintentional Censorship 700
ACSM’s Guidelines for Exercise Testing and Prescription, 12th edition 500
Nucleophilic substitution in azasydnone-modified dinitroanisoles 500
不知道标题是什么 500
Indomethacinのヒトにおける経皮吸収 400
Phylogenetic study of the order Polydesmida (Myriapoda: Diplopoda) 370
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3976253
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3520405
关于积分的说明 11203301
捐赠科研通 3257028
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1798589
邀请新用户注册赠送积分活动 877755
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 806521