A novel picornavirus-like genome from transcriptome sequencing of sugar beet cyst nematode represents a new putative genus

生物 遗传学 基因组 RNA聚合酶 微小病毒 全基因组测序 线虫 完整序列 序列分析 核糖核酸 病毒学 系统发育树 基因 生态学
作者
Jingyu Lin,Rongjian Ye,Thanuja Thekke-Veetil,Margaret Staton,Prakash R. Arelli,Ernest C. Bernard,Tarek Hewezi,Leslie L. Domier,M. R. Hajimorad
出处
期刊:Journal of General Virology [Microbiology Society]
卷期号:99 (10): 1418-1424 被引量:9
标识
DOI:10.1099/jgv.0.001139
摘要

Analysis of transcriptome sequence data from eggs and second-stage juveniles (J2s) of sugar beet cyst nematode (SBCN, Heterodera schachtii) identified the full-length genome of a positive-sense single-stranded RNA virus, provisionally named sugar beet cyst nematode virus 1 (SBCNV1). The SBCNV1 sequence was detected in both eggs and J2s, indicating its possible vertical transmission. The 9503-nucleotide genome sequence contains a single long open reading frame, which was predicted to encode a polyprotein with conserved domains for picornaviral structural proteins proximal to its amino terminus and RNA helicase, cysteine proteinase and RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) conserved domains proximal to its carboxyl terminus, hallmarks of viruses belonging to the order Picornavirales. Phylogenetic analysis of the predicted SBCNV1 RdRp amino acid sequence indicated that the SBCNV1 sequence is most closely related to members of the family Secoviridae, which includes genera of nematode-transmitted plant-infecting viruses. SBCNV1 represents the first fully sequenced viral genome from SBCN.
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