Detecting circular RNAs: bioinformatic and experimental challenges

计算生物学 生物 环状RNA 核糖核酸 基因组 遗传学 基因
作者
Linda Szabo,Julia Salzman
出处
期刊:Nature Reviews Genetics [Springer Nature]
卷期号:17 (11): 679-692 被引量:592
标识
DOI:10.1038/nrg.2016.114
摘要

Circular RNAs (circRNAs) are pervasively expressed in eukaryotic genomes, representing the major transcript isoform for many genes. In this article, the authors review sources of experimental and bioinformatic biases that complicate the accurate discovery of circRNAs and discuss statistical approaches used by published algorithms to address these biases. The pervasive expression of circular RNAs (circRNAs) is a recently discovered feature of gene expression in highly diverged eukaryotes. Numerous algorithms that are used to detect genome-wide circRNA expression from RNA sequencing (RNA-seq) data have been developed in the past few years, but there is little overlap in their predictions and no clear gold-standard method to assess the accuracy of these algorithms. We review sources of experimental and bioinformatic biases that complicate the accurate discovery of circRNAs and discuss statistical approaches to address these biases. We conclude with a discussion of the current experimental progress on the topic.
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