Advanced CUBIC protocols for whole-brain and whole-body clearing and imaging

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作者
Etsuo A. Susaki,Kazuki Tainaka,Dimitri Perrin,Hiroko Yukinaga,Akihiro Kuno,Hiroki R. Ueda
出处
期刊:Nature Protocols [Nature Portfolio]
卷期号:10 (11): 1709-1727 被引量:706
标识
DOI:10.1038/nprot.2015.085
摘要

This protocol describes how to perform CUBIC (Clear, Unobstructed Brain/Body Imaging Cocktails and Computational analysis), a simple and efficient method for organ clearing, imaging by light-sheet microscopy, and quantitative imaging analysis. Here we describe a protocol for advanced CUBIC (Clear, Unobstructed Brain/Body Imaging Cocktails and Computational analysis). The CUBIC protocol enables simple and efficient organ clearing, rapid imaging by light-sheet microscopy and quantitative imaging analysis of multiple samples. The organ or body is cleared by immersion for 1–14 d, with the exact time required dependent on the sample type and the experimental purposes. A single imaging set can be completed in 30–60 min. Image processing and analysis can take <1 d, but it is dependent on the number of samples in the data set. The CUBIC clearing protocol can process multiple samples simultaneously. We previously used CUBIC to image whole-brain neural activities at single-cell resolution using Arc-dVenus transgenic (Tg) mice. CUBIC informatics calculated the Venus signal subtraction, comparing different brains at a whole-organ scale. These protocols provide a platform for organism-level systems biology by comprehensively detecting cells in a whole organ or body.
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