亲爱的研友该休息了!由于当前在线用户较少,发布求助请尽量完整地填写文献信息,科研通机器人24小时在线,伴您度过漫漫科研夜!身体可是革命的本钱,早点休息,好梦!

Loss of CHGA Protein as a Potential Biomarker for Colon Cancer Diagnosis: A Study on Biomarker Discovery by Machine Learning and Confirmation by Immunohistochemistry in Colorectal Cancer Tissue Microarrays

生物标志物 结直肠癌 生物标志物发现 组织微阵列 癌症 免疫组织化学 微阵列 医学 生物信息学 生物 肿瘤科 病理 蛋白质组学 内科学 基因 基因表达 遗传学
作者
Xueli Zhang,Zhiwu Hong,Cheng Fan,Camilla Hildesjö,Bairong Shen,Xiao‐Feng Sun
出处
期刊:Cancers [Multidisciplinary Digital Publishing Institute]
卷期号:14 (11): 2664-2664 被引量:5
标识
DOI:10.3390/cancers14112664
摘要

Background. The incidence of colorectal cancers has been constantly increasing. Although the mortality has slightly decreased, it is far from satisfaction. Precise early diagnosis for colorectal cancer has been a great challenge in order to improve patient survival. Patients and Methods. We started with searching for protein biomarkers based on our colorectal cancer biomarker database (CBD), finding differential expressed genes (GEGs) and non-DEGs from RNA sequencing (RNA-seq) data, and further predicted new biomarkers of protein–protein interaction (PPI) networks by machine learning (ML) methods. The best-selected biomarker was further verified by a receiver operating characteristic (ROC) test from microarray and RNA-seq data, biological network, and functional analysis, and immunohistochemistry in the tissue arrays from 198 specimens. Results. There were twelve proteins (MYO5A, CHGA, MAPK13, VDAC1, CCNA2, YWHAZ, CDK5, GNB3, CAMK2G, MAPK10, SDC2, and ADCY5) which were predicted by ML as colon cancer candidate diagnosis biomarkers. These predicted biomarkers showed close relationships with reported biomarkers of the PPI network and shared some pathways. An ROC test showed the CHGA protein with the best diagnostic accuracy (AUC = 0.9 in microarray data and 0.995 in RNA-seq data) among these candidate protein biomarkers. Furthermore, immunohistochemistry examination on our colon cancer tissue microarray samples further confirmed our bioinformatical prediction, indicating that CHGA may be used as a potential biomarker for early diagnosis of colon cancer patients. Conclusions. CHGA could be a potential candidate biomarker for diagnosing earlier colon cancer in the patients.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
34秒前
明柳发布了新的文献求助10
40秒前
QYQ完成签到 ,获得积分10
1分钟前
汪汪淬冰冰完成签到,获得积分10
1分钟前
明柳完成签到,获得积分20
2分钟前
香蕉觅云应助明柳采纳,获得10
2分钟前
2分钟前
我是熊大发布了新的文献求助30
2分钟前
2分钟前
唐泽雪穗完成签到,获得积分10
2分钟前
星辰大海应助荼蘼采纳,获得10
2分钟前
唐泽雪穗发布了新的文献求助10
2分钟前
2分钟前
dong发布了新的文献求助10
2分钟前
隐形曼青应助Wednesday Chong采纳,获得10
3分钟前
飞天大南瓜完成签到,获得积分10
3分钟前
热热完成签到 ,获得积分10
3分钟前
科研通AI5应助斯文墨镜采纳,获得10
3分钟前
4分钟前
斯文墨镜发布了新的文献求助10
4分钟前
情怀应助合适的乐儿采纳,获得10
4分钟前
上善若水完成签到 ,获得积分10
4分钟前
4分钟前
4分钟前
4分钟前
kiki发布了新的文献求助10
4分钟前
昏睡的世倌完成签到,获得积分10
4分钟前
kiki完成签到,获得积分10
4分钟前
4分钟前
zhouti497541171完成签到,获得积分10
4分钟前
冬雪丶消融应助科研通管家采纳,获得200
5分钟前
土豆炖大锅完成签到,获得积分10
5分钟前
量子星尘发布了新的文献求助50
5分钟前
科目三应助我是熊大采纳,获得10
5分钟前
合不着完成签到 ,获得积分10
6分钟前
叶子完成签到,获得积分10
6分钟前
7分钟前
我是熊大发布了新的文献求助10
7分钟前
呆萌冰彤完成签到 ,获得积分10
8分钟前
9分钟前
高分求助中
(应助此贴封号)【重要!!请各用户(尤其是新用户)详细阅读】【科研通的精品贴汇总】 10000
Einführung in die Rechtsphilosophie und Rechtstheorie der Gegenwart 1500
Binary Alloy Phase Diagrams, 2nd Edition 1000
青少年心理适应性量表(APAS)使用手册 700
Air Transportation A Global Management Perspective 9th Edition 700
DESIGN GUIDE FOR SHIPBOARD AIRBORNE NOISE CONTROL 600
NMR in Plants and Soils: New Developments in Time-domain NMR and Imaging 600
热门求助领域 (近24小时)
化学 医学 生物 材料科学 工程类 有机化学 内科学 生物化学 物理 计算机科学 纳米技术 遗传学 基因 复合材料 化学工程 物理化学 病理 催化作用 免疫学 量子力学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 4983984
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 4235019
关于积分的说明 13189597
捐赠科研通 4027516
什么是DOI,文献DOI怎么找? 2203258
邀请新用户注册赠送积分活动 1215453
关于科研通互助平台的介绍 1132685