Reproducible mass spectrometry data processing and compound annotation in MZmine 3

质谱法 注释 计算机科学 色谱法 化学 情报检索 人工智能
作者
Tito Damiani,Steffen Heuckeroth,Aleksandr Smirnov,Olena Mokshyna,Corinna Brungs,Ansgar Korf,Joshua R. Smith,Paolo Stincone,Nicola Dreolin,Louis‐Félix Nothias,Tuulia Hyötyläinen,Matej Orešič,Uwe Kärst,Pieter C. Dorrestein,Daniel Petras,Xiuxia Du,Justin J. J. van der Hooft,Robin Schmid,Tomáš Pluskal
标识
DOI:10.26434/chemrxiv-2023-98n6q-v2
摘要

Untargeted MS experiments produce complex, multi-dimensional data that are practically impossible to investigate manually. For this reason, computational pipelines are needed to extract relevant information from raw spectral data and convert it into a more comprehensible format. Based on the sample type and/or goal of the study, a variety of MS platforms can be used for such analysis. MZmine is open-source software for the processing of raw spectral data generated by different MS platforms: liquid chromatography–MS (LC–MS), gas chromatography–MS (GC–MS), and MS–imaging. Moreover, the third version of the software, described herein, supports the processing of ion mobility spectrometry (IMS) data. The present protocol provides three distinct procedures to perform feature detection and annotation of untargeted MS data produced by different instrumental setups: LC–(IMS–)MS, GC–MS, and (IMS–)MS imaging. For training purposes, example datasets are provided together with configuration batch files (i.e. list of processing steps and parameters) to allow new users to easily replicate the described workflows. Depending on the number of data files and available computing resources, we anticipate this to take between 2 and 24 hours for new MZmine users and non-experts. Within each procedure, we provide a detailed description for all processing parameters together with instructions/recommendations for their optimization. The main generated outputs are represented by aligned feature tables and fragmentation spectra lists that can be used by other third-party tools for further downstream analysis.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
沉睡的大马猴完成签到,获得积分10
刚刚
wyg117完成签到,获得积分10
1秒前
认真的灵竹完成签到 ,获得积分10
3秒前
3秒前
123完成签到,获得积分10
3秒前
Yilion完成签到,获得积分10
3秒前
紧张的刺猬完成签到,获得积分10
3秒前
huaxuchina完成签到,获得积分10
4秒前
香蕉觅云应助awang采纳,获得10
4秒前
一川烟雨完成签到,获得积分10
5秒前
汉堡包应助cricket采纳,获得10
5秒前
研友_Zb1rln完成签到,获得积分10
6秒前
李丽冰完成签到,获得积分10
7秒前
JamesPei应助科研小木虫采纳,获得10
7秒前
梦在彼岸完成签到,获得积分10
8秒前
nikko完成签到,获得积分10
8秒前
害羞无春完成签到,获得积分10
9秒前
时2发布了新的文献求助30
9秒前
英俊的铭应助故意的灯泡采纳,获得10
9秒前
9秒前
CX完成签到 ,获得积分10
10秒前
kakaC完成签到,获得积分10
11秒前
溟旅发布了新的文献求助10
11秒前
佩奇完成签到,获得积分10
11秒前
orixero应助微笑念寒采纳,获得30
11秒前
12秒前
妙奇完成签到,获得积分10
13秒前
14秒前
共享精神应助产电菌菌主采纳,获得50
14秒前
刻苦绿柏发布了新的文献求助10
14秒前
14秒前
14秒前
2222完成签到,获得积分10
14秒前
天天快乐应助小蚊子采纳,获得10
14秒前
Cybars完成签到 ,获得积分10
14秒前
幽默不愁完成签到,获得积分10
14秒前
冰雪物语完成签到,获得积分10
16秒前
善学以致用应助远了个方采纳,获得10
16秒前
李健应助远了个方采纳,获得10
16秒前
CipherSage应助远了个方采纳,获得10
16秒前
高分求助中
Sustainability in Tides Chemistry 2000
Microlepidoptera Palaearctica, Volumes 1 and 3 - 13 (12-Volume Set) [German] 1122
Дружба 友好报 (1957-1958) 1000
The Data Economy: Tools and Applications 1000
Mantiden - Faszinierende Lauerjäger – Buch gebraucht kaufen 700
PraxisRatgeber Mantiden., faszinierende Lauerjäger. – Buch gebraucht kaufe 700
A Dissection Guide & Atlas to the Rabbit 600
热门求助领域 (近24小时)
化学 医学 生物 材料科学 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 基因 遗传学 催化作用 物理化学 免疫学 量子力学 细胞生物学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3099877
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2751333
关于积分的说明 7612942
捐赠科研通 2403282
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1275217
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 616310
版权声明 599053