SecretoMyc, a web-based database on mycobacteria secreted proteins and structure-based homology identification using bio-informatics tools

蛋白质组 计算生物学 基因组 鉴定(生物学) 分泌蛋白 蛋白质组学 生物 结核分枝杆菌 分泌物 信息学 生物信息学 肺结核 遗传学 基因 生物化学 工程类 电气工程 医学 植物 病理
作者
Jérôme Gracy,Katherine Vallejos-Sánchez,Martin Cohen‐Gonsaud
标识
DOI:10.1101/2023.04.21.537767
摘要

Abstract To better understand the interaction between the host and the Mycobacterium tuberculosis pathogen, it is critical to identify its potential secreted proteins. While various experimental methods have been successful in identifying proteins under specific culture conditions, they have not provided a comprehensive characterisation of the secreted proteome. We utilized a combination of bioinformatics servers and in-house software to identify all potentially secreted proteins from six mycobacterial genomes through the three secretion systems: SEC, TAT, and T7SS. The results are presented in a database that can be crossed with selected proteomics and transcriptomics studies ( https://secretomyc.cbs.cnrs.fr/myc ). In addition, thanks to the recent availability of Alphafold models, we developed a tool in order to identify the structural homologues among the mycobacterial genomes.
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