TapHi-C for profiling genome-wide chromosome conformation capture

染色体构象捕获 染色质 生物 基因组 计算生物学 染色体 高分辨率 遗传学 核心 DNA测序 进化生物学 细胞生物学 DNA 基因 转录因子 遥感 增强子 地质学
作者
Haiyan Yue,Aixuan Li,Yiheng Tang,Runsheng Chen
出处
期刊:Trends in Plant Science [Elsevier]
卷期号:28 (10): 1192-1193
标识
DOI:10.1016/j.tplants.2023.06.009
摘要

Chromosomes are highly packed in the cell nucleus, with each chromosome occupying a specific nuclear territory. High throughput chromosome conformation capture (Hi-C) has been used to reveal hierarchical chromatin architectures (i.e., compartments, topologically associating domains, and chromatin loops), but requires large amount of tissue and deep sequencing coverage and is only able to provide a limited resolution in plants. However, accessing high-resolution interaction information is critical for better disclosure of chromosomal architecture spatial configuration changes under various stresses in plants.
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