Zooming across the Free-Energy Landscape: Shaving Barriers, and Flooding Valleys

元动力学 能源景观 计算机科学 缩放 能量(信号处理) 算法 物理 数学 统计 热力学 镜头(地质) 分子动力学 量子力学 光学
作者
Haohao Fu,Hong Zhang,Haochuan Chen,Xueguang Shao,Christophe Chipot,Wensheng Cai
出处
期刊:Journal of Physical Chemistry Letters [American Chemical Society]
卷期号:9 (16): 4738-4745 被引量:112
标识
DOI:10.1021/acs.jpclett.8b01994
摘要

A robust importance-sampling algorithm for mapping free-energy surfaces over geometrical variables, coined meta-eABF, is introduced. This algorithm shaves the free-energy barriers and floods valleys by incorporating a history-dependent potential term in the extended adaptive biasing force (eABF) framework. Numerical applications on both toy models and nontrivial examples indicate that meta-eABF explores the free-energy surface significantly faster than either eABF or metadynamics (MtD) alone, without the need to stratify the reaction pathway. In some favorable cases, meta-eABF can be as much as five times faster than other importance-sampling algorithms. Many of the shortcomings inherent to eABF and MtD, like kinetic trapping in regions of configurational space already adequately sampled, the requirement of prior knowledge of the free-energy landscape to set up the simulation, are readily eliminated in meta-eABF. Meta-eABF, therefore, represents an appealing solution for a broad range of applications, especially when both eABF and MtD fail to achieve the desired result.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
盐好香发布了新的文献求助10
1秒前
3秒前
4秒前
5秒前
PDAYEBLB完成签到,获得积分10
6秒前
隐形曼青应助chichqq采纳,获得10
6秒前
zhangr完成签到 ,获得积分10
7秒前
8秒前
完美世界应助我是聪聪呦采纳,获得10
11秒前
qiaqiaqia发布了新的文献求助10
12秒前
丁静完成签到 ,获得积分10
13秒前
香蕉子骞完成签到 ,获得积分10
14秒前
czwu完成签到,获得积分10
17秒前
18秒前
19秒前
DKX完成签到 ,获得积分10
19秒前
Rhan完成签到,获得积分20
22秒前
今后应助刘斌采纳,获得10
22秒前
诚心寄灵完成签到,获得积分10
22秒前
共享精神应助zi采纳,获得10
24秒前
25秒前
尊敬梦旋完成签到,获得积分10
25秒前
冷静的钢笔完成签到 ,获得积分10
26秒前
26秒前
26秒前
CipherSage应助qiaqiaqia采纳,获得10
26秒前
27秒前
小二郎应助tivyg'lk采纳,获得30
28秒前
孤独的电话完成签到,获得积分10
29秒前
30秒前
尊敬梦旋发布了新的文献求助10
30秒前
robi发布了新的文献求助30
30秒前
斐乐完成签到,获得积分10
30秒前
31秒前
毛毛发布了新的文献求助10
31秒前
31秒前
领导范儿应助谦让的含海采纳,获得10
32秒前
hangfengzi完成签到,获得积分10
32秒前
32秒前
Rhan发布了新的文献求助30
35秒前
高分求助中
Sustainability in Tides Chemistry 2800
The Young builders of New china : the visit of the delegation of the WFDY to the Chinese People's Republic 1000
Rechtsphilosophie 1000
Bayesian Models of Cognition:Reverse Engineering the Mind 888
Le dégorgement réflexe des Acridiens 800
Defense against predation 800
Very-high-order BVD Schemes Using β-variable THINC Method 568
热门求助领域 (近24小时)
化学 医学 生物 材料科学 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 基因 遗传学 催化作用 物理化学 免疫学 量子力学 细胞生物学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3134819
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2785712
关于积分的说明 7773883
捐赠科研通 2441585
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1298006
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 625075
版权声明 600825