亲爱的研友该休息了!由于当前在线用户较少,发布求助请尽量完整地填写文献信息,科研通机器人24小时在线,伴您度过漫漫科研夜!身体可是革命的本钱,早点休息,好梦!

Zooming across the Free-Energy Landscape: Shaving Barriers, and Flooding Valleys

元动力学 能源景观 计算机科学 缩放 能量(信号处理) 算法 物理 数学 统计 热力学 镜头(地质) 分子动力学 量子力学 光学
作者
Haohao Fu,Hong Zhang,Haochuan Chen,Xueguang Shao,Christophe Chipot,Wensheng Cai
出处
期刊:Journal of Physical Chemistry Letters [American Chemical Society]
卷期号:9 (16): 4738-4745 被引量:112
标识
DOI:10.1021/acs.jpclett.8b01994
摘要

A robust importance-sampling algorithm for mapping free-energy surfaces over geometrical variables, coined meta-eABF, is introduced. This algorithm shaves the free-energy barriers and floods valleys by incorporating a history-dependent potential term in the extended adaptive biasing force (eABF) framework. Numerical applications on both toy models and nontrivial examples indicate that meta-eABF explores the free-energy surface significantly faster than either eABF or metadynamics (MtD) alone, without the need to stratify the reaction pathway. In some favorable cases, meta-eABF can be as much as five times faster than other importance-sampling algorithms. Many of the shortcomings inherent to eABF and MtD, like kinetic trapping in regions of configurational space already adequately sampled, the requirement of prior knowledge of the free-energy landscape to set up the simulation, are readily eliminated in meta-eABF. Meta-eABF, therefore, represents an appealing solution for a broad range of applications, especially when both eABF and MtD fail to achieve the desired result.

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
KSung完成签到,获得积分10
12秒前
15秒前
云7发布了新的文献求助10
22秒前
绿唯发布了新的文献求助20
25秒前
科研通AI6.3应助淡然笑旋采纳,获得10
43秒前
44秒前
klpkyx发布了新的文献求助10
47秒前
DRX完成签到,获得积分10
53秒前
56秒前
cy0824完成签到 ,获得积分10
58秒前
毁灭吧发布了新的文献求助10
1分钟前
1分钟前
FashionBoy应助毁灭吧采纳,获得10
1分钟前
slp完成签到,获得积分10
1分钟前
酷波er应助科研通管家采纳,获得10
1分钟前
桐桐应助科研通管家采纳,获得10
1分钟前
1分钟前
cen完成签到,获得积分10
1分钟前
1分钟前
Murphy发布了新的文献求助10
1分钟前
陈年人完成签到 ,获得积分10
1分钟前
klpkyx发布了新的文献求助10
1分钟前
Criminology34应助无限冰淇淋采纳,获得10
1分钟前
blueskyzhi完成签到,获得积分10
1分钟前
852应助糯糯采纳,获得30
1分钟前
2分钟前
2分钟前
2分钟前
糯糯发布了新的文献求助30
2分钟前
2分钟前
2分钟前
klpkyx发布了新的文献求助10
2分钟前
欧皇完成签到 ,获得积分10
2分钟前
yorha3h应助lcy001采纳,获得10
2分钟前
2分钟前
2分钟前
2分钟前
yuanchong完成签到,获得积分20
2分钟前
klpkyx发布了新的文献求助10
2分钟前
yuanchong发布了新的文献求助10
2分钟前
高分求助中
(应助此贴封号)【重要!!请各用户(尤其是新用户)详细阅读】【科研通的精品贴汇总】 10000
Salmon nasal cartilage-derived proteoglycan complexes influence the gut microbiota and bacterial metabolites in mice 2000
The Composition and Relative Chronology of Dynasties 16 and 17 in Egypt 1500
Cowries - A Guide to the Gastropod Family Cypraeidae 1200
ON THE THEORY OF BIRATIONAL BLOWING-UP 666
Signals, Systems, and Signal Processing 610
“美军军官队伍建设研究”系列(全册) 500
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 纳米技术 工程类 有机化学 化学工程 生物化学 计算机科学 物理 内科学 复合材料 催化作用 物理化学 光电子学 电极 细胞生物学 基因 无机化学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 6384180
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 8196496
关于积分的说明 17332169
捐赠科研通 5437754
什么是DOI,文献DOI怎么找? 2875930
邀请新用户注册赠送积分活动 1852430
关于科研通互助平台的介绍 1696804