Zooming across the Free-Energy Landscape: Shaving Barriers, and Flooding Valleys

元动力学 能源景观 计算机科学 缩放 能量(信号处理) 算法 物理 数学 统计 热力学 镜头(地质) 分子动力学 量子力学 光学
作者
Haohao Fu,Hong Zhang,Haochuan Chen,Xueguang Shao,Christophe Chipot,Wensheng Cai
出处
期刊:Journal of Physical Chemistry Letters [American Chemical Society]
卷期号:9 (16): 4738-4745 被引量:112
标识
DOI:10.1021/acs.jpclett.8b01994
摘要

A robust importance-sampling algorithm for mapping free-energy surfaces over geometrical variables, coined meta-eABF, is introduced. This algorithm shaves the free-energy barriers and floods valleys by incorporating a history-dependent potential term in the extended adaptive biasing force (eABF) framework. Numerical applications on both toy models and nontrivial examples indicate that meta-eABF explores the free-energy surface significantly faster than either eABF or metadynamics (MtD) alone, without the need to stratify the reaction pathway. In some favorable cases, meta-eABF can be as much as five times faster than other importance-sampling algorithms. Many of the shortcomings inherent to eABF and MtD, like kinetic trapping in regions of configurational space already adequately sampled, the requirement of prior knowledge of the free-energy landscape to set up the simulation, are readily eliminated in meta-eABF. Meta-eABF, therefore, represents an appealing solution for a broad range of applications, especially when both eABF and MtD fail to achieve the desired result.

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