El estado de Nayarit es el principal productor de Annona muricata en México, sin embargo, la producción estatal se ve afectada por pudriciones de fruto y hasta el momento no se ha determinado el agente causal. El objetivo del presente trabajo fue identificar a los patógenos causantes de las pudriciones de fruto de guanábana en el estado, para lo cual se realizaron muestreos durante el año 2017 en los municipios de San Blas y Compostela. Se aislaron e identificaron a cinco hongos asociados a las pudriciones secas y cinco géneros de hongos a las pudriciones blandas, de los cuales se determinó con pruebas de patogenicidad en frutos aparentemente sanos de guanábana y posterior identificación molecular que Colletotrichum gloeosporioides (clave de acceso KX960784.1) y Pestalotiopsis sp. (clave de acceso KX960814.1) son los causantes de las pudriciones secas y el hongo Lasiodiplodia pseudotheobromae (clave de acceso MH062942.1) es responsable de las pudriciones blandas de fruto de guanábana en Nayarit, México.