Peculiarities of the Dynamical Hydration Shell of Native Conformation Protein Using a Bovine Serum Albumin Example

氢键 化学 溶剂化壳 分子间力 牛血清白蛋白 结晶学 分子 原籍国 蛋白质二级结构 束缚水 蛋白质结构 结合能 化学物理 溶剂化 色谱法 有机化学 生物化学 物理 核物理学
作者
Nikita V. Penkov
出处
期刊:Applied Spectroscopy [SAGE]
被引量:1
标识
DOI:10.1177/00037028241261097
摘要

This paper describes an approach based on the method of terahertz time-domain spectroscopy, which allows the analysis of dynamical hydration shells of proteins with a thickness of 1-2 nm. Using the example of bovine serum albumin in three conformations, it is shown that the hydration shells of the protein are characterized by increased binding of water molecules in the primary hydration layers, and in more distant areas of hydration, on the contrary, the water structure is somewhat destroyed. The fraction of free or weakly bound molecules, usually observed in the structure of liquid water in hydration shells, become more numerous but its average binding is greater than in undisturbed water. The energy distribution of hydrogen bonds in hydration shells is narrowed compared to undisturbed water. All these manifestations of hydration are most pronounced for the native conformation of the protein. Also, the hydration shells of the native protein are characterized by a smaller number of hydrogen bonds and a tendency to decrease their average energy compared to non-native conformations. The fact of a pronounced peculiarity of the hydration shells of the protein in the native conformation has been noted for different proteins before. However, the methodological approach used in this work for the first time allowed this peculiarity to be described by specific parameters of the intermolecular structure and dynamics of water.
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