A novel cuproptosis-related gene prognostic signature in colon adenocarcinoma

危险系数 CDKN2A 置信区间 结直肠癌 内科学 医学 腺癌 肿瘤科 基因签名 生存分析 基因 癌症 癌症研究 生物信息学 胃肠病学 生物 基因表达 遗传学
作者
Yu-Chung Su,Kun Zhang
出处
期刊:Canadian Journal of Physiology and Pharmacology [NRC Research Press]
卷期号:101 (11): 589-598
标识
DOI:10.1139/cjpp-2023-0118
摘要

Cuproptosis is the latest cell death type caused by enhanced mitochondrial-dependent energy metabolism. This study plans to establish a survival prognosis model for colon adenocarcinoma (COAD) patients based on cuproptosis-related genes (CRGs). We investigated the genetic alterations of CRGs in COAD based on The Cancer Genome Atlas database and validated in the GSE41328 dataset. Our results showed that LIPT1, PDHA1, GLS, and CDKN2A had significantly higher expression in COAD tissues than in normal tissues, while FDX1, DLD, and MTF1 had significantly lower expression in COAD tissues than in normal tissues (|(log2(fold change))| > 2, p < 0.05). DLD (hazard ratio (HR): 0.658; 95% confidence interval (CI): 0.445, 0.974; p = 0.037) and CDKN2A (HR: 1.785; 95% CI: 1.200, 2.654; p = 0.004) expressions were linked with overall survival throughout a log-rank test. CRG prognostic scores exhibited an area under the curve of 0.737, 0.646, and 0.633 at 1, 3, and 5 years. Patients with a high-risk factor suffered from poor prognosis (HR = 1.514; 95% CI: 1.022, 2.243; p = 0.0386). An independent validation dataset (GSE41328 (N = 20)) confirmed the above results. The CRGs' signature may be used as a prognostic predictor for COAD patients, providing unique insights into anticancer therapy.

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