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Integrated transcriptomics and proteomics data analysis identifies CDH17 as a key cell surface target in colorectal cancer

生物 生物信息学 转录组 结直肠癌 基因 图谱 癌症研究 蛋白质组学 细胞 癌症 计算生物学 基因表达 遗传学 蛋白质表达
作者
Kah Keng Wong
出处
期刊:Computational Biology and Chemistry [Elsevier BV]
卷期号:105: 107897-107897 被引量:6
标识
DOI:10.1016/j.compbiolchem.2023.107897
摘要

Immunotherapy development against colorectal cancer (CRC) is hindered by the lack of cell surface target highly expressed in cancer cells but with restricted presence in normal tissues to minimize off-tumor toxicities. In this in silico analysis, a longlist of genes (n = 13,488) expressed in CRCs according to the Human Protein Atlas (HPA) database were evaluated to shortlist for potential surface targets based on the following prerequisites: (i) Absent from the brain and lung tissues to minimize the likelihood of neurologic and pulmonary toxicities; (ii) Restricted expression profile in other normal human tissues; (iii) Genes that potentially encode cell surface proteins and; (iv) At least moderately expressed in CRC cases. Fifteen potential targets were shortlisted and subsequently ranked according to the combination of their transcript and protein expression levels in CRCs derived from multiple datasets (i.e. DepMap, TCGA, CPTAC-2, and HPA CRCs). The top-ranked target with the highest and homogenous expression in CRCs was cadherin 17 (CDH17). Downstream analysis of CRC transcriptomics and proteomics datasets showed that CDH17 was significantly correlated with carcinoembryonic antigen expression. Moreover, CDH17 expression was significantly lower in CRC cases with high microsatellite instability, as well as negatively associated with immune response gene sets and the expression of MHC class I and II molecules. CDH17 represents an optimal target for therapeutic development against CRCs, and this study provides a novel framework to identify key cell surface targets for therapeutic development against other malignancies.
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