Global profiling of protein complex dynamics with an experimental library of protein interaction markers

蛋白质组 蛋白质组学 计算生物学 蛋白质动力学 蛋白酶 蛋白质-蛋白质相互作用 化学 酿酒酵母 血浆蛋白结合 蛋白质结构 生物 生物化学 酵母 基因
作者
Christian Doerig,Cathy Marulli,Thomas R. Peskett,Norbert Volkmar,Lorenzo Pantolini,Gabriel Studer,Camilla Paleari,Fabian Frommelt,Torsten Schwede,Natalie de Souza,Yves Barral,Paola Picotti
出处
期刊:Nature Biotechnology [Nature Portfolio]
被引量:1
标识
DOI:10.1038/s41587-024-02432-8
摘要

Abstract Methods to systematically monitor protein complex dynamics are needed. We introduce serial ultrafiltration combined with limited proteolysis-coupled mass spectrometry (FLiP–MS), a structural proteomics workflow that generates a library of peptide markers specific to changes in PPIs by probing differences in protease susceptibility between complex-bound and monomeric forms of proteins. The library includes markers mapping to protein-binding interfaces and markers reporting on structural changes that accompany PPI changes. Integrating the marker library with LiP–MS data allows for global profiling of protein–protein interactions (PPIs) from unfractionated lysates. We apply FLiP–MS to Saccharomyces cerevisiae and probe changes in protein complex dynamics after DNA replication stress, identifying links between Spt-Ada-Gcn5 acetyltransferase activity and the assembly state of several complexes. FLiP–MS enables protein complex dynamics to be probed on any perturbation, proteome-wide, at high throughput, with peptide-level structural resolution and informing on occupancy of binding interfaces, thus providing both global and molecular views of a system under study.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
Rondab应助文静的如娆采纳,获得10
刚刚
刚刚
1秒前
空2完成签到 ,获得积分0
1秒前
Ai_niyou发布了新的文献求助10
1秒前
石石刘完成签到 ,获得积分10
1秒前
鹤鸣完成签到,获得积分10
2秒前
2秒前
小鱼鱼Fish完成签到,获得积分10
2秒前
鱼仔发布了新的文献求助10
3秒前
3秒前
小灵通发布了新的文献求助10
3秒前
大气的翎完成签到,获得积分10
3秒前
在水一方应助ww采纳,获得10
4秒前
老老实实好好活着完成签到,获得积分10
4秒前
田様应助浑天与采纳,获得10
4秒前
4秒前
可靠的南露应助kk采纳,获得10
5秒前
失眠迎松发布了新的文献求助10
5秒前
白也完成签到,获得积分10
6秒前
闾丘德地完成签到,获得积分10
6秒前
6秒前
蓝桉发布了新的文献求助10
6秒前
6秒前
lllth完成签到,获得积分10
6秒前
w_完成签到,获得积分10
6秒前
桥桥发布了新的文献求助30
7秒前
7秒前
zgsn完成签到,获得积分10
7秒前
7秒前
Aikesi完成签到,获得积分10
7秒前
7秒前
7秒前
tramp应助子卿采纳,获得10
7秒前
codwest完成签到,获得积分10
8秒前
那奇泡芙发布了新的文献求助10
8秒前
老麦完成签到,获得积分10
8秒前
开放芝麻完成签到 ,获得积分10
8秒前
实验顺利!完成签到,获得积分10
8秒前
9秒前
高分求助中
A new approach to the extrapolation of accelerated life test data 1000
Cognitive Neuroscience: The Biology of the Mind 1000
Technical Brochure TB 814: LPIT applications in HV gas insulated switchgear 1000
ACSM’s Guidelines for Exercise Testing and Prescription, 12th edition 500
Nucleophilic substitution in azasydnone-modified dinitroanisoles 500
不知道标题是什么 500
A Preliminary Study on Correlation Between Independent Components of Facial Thermal Images and Subjective Assessment of Chronic Stress 500
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3968934
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3513835
关于积分的说明 11170238
捐赠科研通 3249167
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1794650
邀请新用户注册赠送积分活动 875278
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 804755