A functional selection reveals previously undetected anti-phage defence systems in the E. coli pangenome

原噬菌体 生物 流动遗传元素 背景(考古学) 选择(遗传算法) 计算生物学 清脆的 噬菌体 遗传学 基因 基因组 大肠杆菌 计算机科学 古生物学 人工智能
作者
Christopher N. Vassallo,Christopher R. Doering,Megan L Littlehale,Gabriella I. C. Teodoro,Michael T. Laub
出处
期刊:Nature microbiology 卷期号:7 (10): 1568-1579 被引量:105
标识
DOI:10.1038/s41564-022-01219-4
摘要

The ancient, ongoing coevolutionary battle between bacteria and their viruses, bacteriophages, has given rise to sophisticated immune systems including restriction-modification and CRISPR-Cas. Many additional anti-phage systems have been identified using computational approaches based on genomic co-location within defence islands, but these screens may not be exhaustive. Here we developed an experimental selection scheme agnostic to genomic context to identify defence systems in 71 diverse E. coli strains. Our results unveil 21 conserved defence systems, none of which were previously detected as enriched in defence islands. Additionally, our work indicates that intact prophages and mobile genetic elements are primary reservoirs and distributors of defence systems in E. coli, with defence systems typically carried in specific locations or hotspots. These hotspots encode dozens of additional uncharacterized defence system candidates. Our findings reveal an extended landscape of antiviral immunity in E. coli and provide an approach for mapping defence systems in other species.
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