Method to generate highly stable D-amino acid analogs of bioactive helical peptides using a mirror image of the entire PDB

蛋白质数据库 蛋白质数据库 氨基酸 计算生物学 生物化学 功能(生物学) 肽序列 化学 蛋白质结构 生物 遗传学 基因
作者
Michael Garton,Satra Nim,Tracy A. Stone,Kyle Ethan Wang,Charles M. Deber,Philip M. Kim
出处
期刊:Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America [National Academy of Sciences]
卷期号:115 (7): 1505-1510 被引量:103
标识
DOI:10.1073/pnas.1711837115
摘要

Significance Using D-amino acids as the building blocks for bioactive peptides can dramatically increase their potency. However, simply swapping regular levorotary amino acids for dextrorotary (D)-amino acids alters the peptide surface topology and function is lost. Current methods to overcome this are not generally applicable and exclude the majority of therapeutic targets. By creating a mirror image of all 111,867 protein structures in the Protein Data Bank (PDB), we convert this repository into a D-peptide database with 2.8 million D-peptide structures. This D-PDB can be searched to find therapeutically active topologies, demonstrated here by the discovery of D-peptide GLP1R and PTH1R agonists. Evaluation of D-PDB coverage suggests that it holds candidates for most therapeutic targets and, thus, potentially contains hundreds of potent drug leads.

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
gwentea完成签到,获得积分20
刚刚
pwy发布了新的文献求助10
刚刚
Owen应助阿鸢采纳,获得20
刚刚
玛卡巴卡发布了新的文献求助10
1秒前
123131发布了新的文献求助10
1秒前
略微妙蛙完成签到,获得积分10
1秒前
出轨的妻子完成签到 ,获得积分10
1秒前
2秒前
3秒前
情怀应助自由的白玉采纳,获得10
3秒前
3秒前
4秒前
cbf完成签到 ,获得积分10
4秒前
4秒前
Cjw完成签到,获得积分10
4秒前
明亮飞双完成签到,获得积分10
5秒前
i2z发布了新的文献求助10
5秒前
青黄完成签到,获得积分10
6秒前
奋斗的猪完成签到 ,获得积分10
6秒前
6秒前
yc完成签到,获得积分10
6秒前
英俊的铭应助123131采纳,获得10
6秒前
历历历历完成签到 ,获得积分10
6秒前
6秒前
7秒前
7秒前
华仔应助开心采纳,获得10
7秒前
单薄的忆枫完成签到,获得积分10
8秒前
土豆淀粉发布了新的文献求助10
8秒前
9秒前
欣欣完成签到 ,获得积分10
9秒前
10秒前
如意冰棍发布了新的文献求助10
10秒前
嗷嗷发布了新的文献求助10
10秒前
震震应助爱躺平的老baby采纳,获得10
10秒前
10秒前
优雅含莲完成签到 ,获得积分10
11秒前
11秒前
11秒前
Bugatti完成签到,获得积分10
11秒前
高分求助中
(应助此贴封号)【重要!!请各用户(尤其是新用户)详细阅读】【科研通的精品贴汇总】 10000
计划经济时代的工厂管理与工人状况(1949-1966)——以郑州市国营工厂为例 500
INQUIRY-BASED PEDAGOGY TO SUPPORT STEM LEARNING AND 21ST CENTURY SKILLS: PREPARING NEW TEACHERS TO IMPLEMENT PROJECT AND PROBLEM-BASED LEARNING 500
The Pedagogical Leadership in the Early Years (PLEY) Quality Rating Scale 410
Stackable Smart Footwear Rack Using Infrared Sensor 300
Modern Britain, 1750 to the Present (第2版) 300
Writing to the Rhythm of Labor Cultural Politics of the Chinese Revolution, 1942–1976 300
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 纳米技术 计算机科学 内科学 化学工程 复合材料 物理化学 基因 催化作用 遗传学 冶金 电极 光电子学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 4603484
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 4012177
关于积分的说明 12422449
捐赠科研通 3692673
什么是DOI,文献DOI怎么找? 2035749
邀请新用户注册赠送积分活动 1068916
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 953403