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Immunoinformatics-Based Identification of the Conserved Immunogenic Peptides Targeting of Zika Virus Precursor Membrane Protein

表位 寨卡病毒 人类白细胞抗原 生物 保守序列 人口 计算生物学 病毒学 病毒 遗传学 抗原 肽序列 基因 医学 环境卫生
作者
Yogita Gupta,Manoj Baranwal,Bhupendra Chudasama
出处
期刊:Viral Immunology [Mary Ann Liebert, Inc.]
卷期号:36 (8): 503-519 被引量:3
标识
DOI:10.1089/vim.2023.0015
摘要

Zika virus infections lead to neurological complications such as congenital Zika syndrome and Guillain–Barré syndrome. Rising Zika infections in newborns and adults have triggered the need for vaccine development. In the current study, the precursor membrane (prM) protein of the Zika virus is explored for its functional importance and design of epitopes enriched conserved peptides with the usage of different immunoinformatics approach. Phylogenetic and mutational analyses inferred that the prM protein is highly conserved. Three conserved peptides containing multiple T and B cell epitopes were designed by employing different epitope prediction algorithms. IEDB population coverage analysis of selected peptides in six different continents has shown the population coverage of 60–99.8% (class I HLA) and 80–100% (class II HLA). Molecular docking of selected peptides/epitopes was carried out with each of class I and II HLA alleles using HADDOCK. A majority of peptide–HLA complex (pHLA) have HADDOCK scores found to be comparable and more than native–HLA complex representing the good binding interaction of peptides to HLA. Molecular dynamics simulation with best docked pHLA complexes revealed that pHLA complexes are stable with RMSD <5.5Å. Current work highlights the importance of prM as a strong antigenic protein and selected peptides have the potential to elicit humoral and cell-mediated immune responses.
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