Divergence and relationships of Cymbidium tortisepalum and its kindred germplasms by EST-SSR markers

大花蕙兰 生物 种质资源 遗传多样性 人口 混合的 遗传学 植物 社会学 人口学
作者
Meiyu Li,Qing Luo,Xueying Zhao,Ding Chang-chun,Zhaojin Chi,Zuzheng Lu,Wenhao Bo
出处
期刊:Journal of Horticultural Science & Biotechnology [Taylor & Francis]
卷期号:98 (4): 483-494 被引量:1
标识
DOI:10.1080/14620316.2022.2159887
摘要

ABSTRACTABSTRACTMolecular marker-based identification of Chinese orchids among species, genera, and hybrids before flowering has important breeding and genetic research value. In this study, the Cymbidium tortisepalum germplasm ‘Lianbansu’ was chosen for transcriptome sequencing, yielding 9,485 putative EST-SSRs discovered from 28,235 unigenes. Then, 192 primers were randomly selected from the designed primers, and 38 pairs of high-quality primers were screened out through experiments. These high-quality markers were used to examine the genetic diversity, population structure, and evolutionary history of 51 orchid germplasms. The number of alleles ranged from 3 to 12, with an average of 6. The observed and expected heterozygosity with an average of 0.4662 and 0.5973. The first two principal coordinates detected 39.66% of the total variation. It was found that the ΔK-value had one peak (When K = 2). Several germplasms of C. tortisepalum, Cymbidium sinense, Cymbidium hybridum, and some interspecific or intergeneric hybrids and unidentified germplasms could be effectively distinguished using these markers. In conclusion, a set of EST-SSR markers with outstanding transferability was created in this study that can be utilised for hybrid parent tracing and germplasm identification of orchids before flowering.KEYWORDS: Cymbidium tortisepalumEST-SSRdivergencepopulation structure Disclosure statementNo potential conflict of interest was reported by the authors.Data availability statementThe RNA-seq raw data is available in NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) with the ID ‘PRJNA641763’.Supplementary materialSupplemental data for this article can be accessed online at https://doi.org/10.1080/14620316.2022.2159887.Additional informationFundingThe authors thank the support of the grants of Science and Technology Major Project of Guangxi (‘Guike’AB16380060), National Natural Science Foundation of China under Grant (NO. 31800559), and Open Project of Guangdong Provincial Key Laboratory of Silviculture, Protection and Utilization (No. SPU2018-03)
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
自然白安完成签到 ,获得积分10
1秒前
量子星尘发布了新的文献求助10
4秒前
等待小鸽子完成签到 ,获得积分10
6秒前
龙虾发票完成签到,获得积分10
13秒前
小康学弟完成签到 ,获得积分10
13秒前
了0完成签到 ,获得积分10
13秒前
慕青应助科研通管家采纳,获得10
16秒前
彭于晏应助科研通管家采纳,获得30
16秒前
毛豆爸爸应助科研通管家采纳,获得20
16秒前
林利芳完成签到 ,获得积分0
17秒前
JaneChen完成签到 ,获得积分10
19秒前
健壮惋清完成签到 ,获得积分10
19秒前
20秒前
gabee完成签到 ,获得积分10
24秒前
liang19640908完成签到 ,获得积分10
27秒前
奋斗的雪曼完成签到 ,获得积分10
33秒前
粗心的飞槐完成签到 ,获得积分10
33秒前
LELE完成签到 ,获得积分10
40秒前
了0完成签到 ,获得积分10
41秒前
apocalypse完成签到 ,获得积分10
46秒前
guhao完成签到 ,获得积分10
47秒前
指导灰完成签到 ,获得积分10
47秒前
善良的火完成签到 ,获得积分10
58秒前
优雅夕阳完成签到 ,获得积分10
1分钟前
Jasper应助光亮的自行车采纳,获得10
1分钟前
miki完成签到,获得积分10
1分钟前
量子星尘发布了新的文献求助10
1分钟前
糖宝完成签到 ,获得积分10
1分钟前
KX2024完成签到,获得积分10
1分钟前
松松发布了新的文献求助20
1分钟前
nusiew完成签到,获得积分10
1分钟前
huiluowork完成签到 ,获得积分10
1分钟前
陶醉的翠霜完成签到 ,获得积分10
1分钟前
1分钟前
冷静如松完成签到 ,获得积分10
1分钟前
1分钟前
浮云完成签到 ,获得积分10
1分钟前
屈岂愈完成签到,获得积分10
1分钟前
1分钟前
Pupil完成签到,获得积分10
1分钟前
高分求助中
【提示信息,请勿应助】关于scihub 10000
Les Mantodea de Guyane: Insecta, Polyneoptera [The Mantids of French Guiana] 3000
徐淮辽南地区新元古代叠层石及生物地层 3000
The Mother of All Tableaux: Order, Equivalence, and Geometry in the Large-scale Structure of Optimality Theory 3000
Handbook of Industrial Diamonds.Vol2 1100
Global Eyelash Assessment scale (GEA) 1000
Picture Books with Same-sex Parented Families: Unintentional Censorship 550
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 4038066
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3575779
关于积分的说明 11373801
捐赠科研通 3305584
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1819239
邀请新用户注册赠送积分活动 892655
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 815022