A pile of pipelines: An overview of the bioinformatics software for metabarcoding data analyses

生物 工作流程 管道(软件) 可用性 过程(计算) 数据科学 基因组 放大器 软件 计算生物学 生态学 计算机科学 数据库 遗传学 程序设计语言 聚合酶链反应 基因 人机交互
作者
Ali Hakimzadeh,Alejandro Abdala Asbun,Davide Albanese,Maria Bernard,Dominik Buchner,Benjamin J. Callahan,J. Gregory Caporaso,Emily Curd,Christophe Djemiel,Mikael Brandström Durling,Vasco Elbrecht,Zachary Gold,Hyun S. Gweon,Mehrdad Hajibabaei,Falk Hildebrand,Vladimir Mikryukov,Éric Normandeau,Ezgi Özkurt,Jonathan Palmer,Géraldine Pascal,Teresita M. Porter,Daniel Straub,Martti Vasar,Tomáš Větrovský,Haris Zafeiropoulos,Sten Anslan
出处
期刊:Molecular Ecology Resources [Wiley]
卷期号:24 (5) 被引量:18
标识
DOI:10.1111/1755-0998.13847
摘要

Abstract Environmental DNA (eDNA) metabarcoding has gained growing attention as a strategy for monitoring biodiversity in ecology. However, taxa identifications produced through metabarcoding require sophisticated processing of high‐throughput sequencing data from taxonomically informative DNA barcodes. Various sets of universal and taxon‐specific primers have been developed, extending the usability of metabarcoding across archaea, bacteria and eukaryotes. Accordingly, a multitude of metabarcoding data analysis tools and pipelines have also been developed. Often, several developed workflows are designed to process the same amplicon sequencing data, making it somewhat puzzling to choose one among the plethora of existing pipelines. However, each pipeline has its own specific philosophy, strengths and limitations, which should be considered depending on the aims of any specific study, as well as the bioinformatics expertise of the user. In this review, we outline the input data requirements, supported operating systems and particular attributes of thirty‐two amplicon processing pipelines with the goal of helping users to select a pipeline for their metabarcoding projects.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
LJL发布了新的文献求助10
1秒前
meng发布了新的文献求助10
1秒前
无私的颤完成签到,获得积分10
1秒前
lucky完成签到 ,获得积分10
2秒前
Zel博博完成签到,获得积分10
2秒前
谷粱诗云完成签到,获得积分10
2秒前
yar应助myuniv采纳,获得10
2秒前
xc完成签到 ,获得积分10
3秒前
3秒前
干净的天与完成签到,获得积分10
3秒前
哈基米德应助毅诚菌采纳,获得10
5秒前
铁甲小杨完成签到,获得积分0
5秒前
6秒前
卡机了完成签到,获得积分10
7秒前
平淡绿柏完成签到,获得积分10
9秒前
架子猫发布了新的文献求助10
9秒前
9秒前
颠覆乾坤发布了新的文献求助10
10秒前
乔乔完成签到,获得积分10
11秒前
学术小白完成签到,获得积分10
11秒前
min完成签到,获得积分10
11秒前
11秒前
汉堡包应助slin_sjtu采纳,获得10
11秒前
czx完成签到,获得积分10
12秒前
szxnb666发布了新的文献求助30
12秒前
MRJJJJ完成签到,获得积分10
12秒前
chaser完成签到,获得积分10
12秒前
光亮白山完成签到 ,获得积分10
13秒前
科研通AI2S应助大橙子采纳,获得10
13秒前
13秒前
小马甲应助meng采纳,获得10
14秒前
pz发布了新的文献求助10
14秒前
zhou1216完成签到 ,获得积分10
15秒前
小格子完成签到,获得积分10
16秒前
zgt01发布了新的文献求助10
16秒前
锥子完成签到,获得积分10
16秒前
Yjh完成签到,获得积分10
16秒前
MOOTEA发布了新的文献求助10
18秒前
勤奋的从菡完成签到 ,获得积分20
20秒前
MZ完成签到,获得积分0
22秒前
高分求助中
【提示信息,请勿应助】关于scihub 10000
Les Mantodea de Guyane: Insecta, Polyneoptera [The Mantids of French Guiana] 3000
徐淮辽南地区新元古代叠层石及生物地层 3000
The Mother of All Tableaux: Order, Equivalence, and Geometry in the Large-scale Structure of Optimality Theory 3000
Handbook of Industrial Diamonds.Vol2 1100
Global Eyelash Assessment scale (GEA) 1000
Picture Books with Same-sex Parented Families: Unintentional Censorship 550
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 4038235
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3575992
关于积分的说明 11374009
捐赠科研通 3305760
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1819276
邀请新用户注册赠送积分活动 892662
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 815022