A pile of pipelines: An overview of the bioinformatics software for metabarcoding data analyses

生物 工作流程 管道(软件) 可用性 过程(计算) 数据科学 基因组 放大器 软件 计算生物学 生态学 计算机科学 数据库 遗传学 程序设计语言 聚合酶链反应 基因 人机交互
作者
Ali Hakimzadeh,Alejandro Abdala Asbun,Davide Albanese,Maria Bernard,Dominik Buchner,Benjamin J. Callahan,J. Gregory Caporaso,Emily Curd,Christophe Djemiel,Mikael Brandström Durling,Vasco Elbrecht,Zachary Gold,Hyun S. Gweon,Mehrdad Hajibabaei,Falk Hildebrand,Vladimir Mikryukov,Éric Normandeau,Ezgi Özkurt,Jonathan Palmer,Géraldine Pascal,Teresita M. Porter,Daniel Straub,Martti Vasar,Tomáš Větrovský,Haris Zafeiropoulos,Sten Anslan
出处
期刊:Molecular Ecology Resources [Wiley]
卷期号:24 (5) 被引量:18
标识
DOI:10.1111/1755-0998.13847
摘要

Abstract Environmental DNA (eDNA) metabarcoding has gained growing attention as a strategy for monitoring biodiversity in ecology. However, taxa identifications produced through metabarcoding require sophisticated processing of high‐throughput sequencing data from taxonomically informative DNA barcodes. Various sets of universal and taxon‐specific primers have been developed, extending the usability of metabarcoding across archaea, bacteria and eukaryotes. Accordingly, a multitude of metabarcoding data analysis tools and pipelines have also been developed. Often, several developed workflows are designed to process the same amplicon sequencing data, making it somewhat puzzling to choose one among the plethora of existing pipelines. However, each pipeline has its own specific philosophy, strengths and limitations, which should be considered depending on the aims of any specific study, as well as the bioinformatics expertise of the user. In this review, we outline the input data requirements, supported operating systems and particular attributes of thirty‐two amplicon processing pipelines with the goal of helping users to select a pipeline for their metabarcoding projects.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
pywangsmmu92完成签到,获得积分10
刚刚
金鱼驳回了Akim应助
1秒前
1秒前
bckl888发布了新的文献求助10
3秒前
ing关闭了ing文献求助
3秒前
沉默高跟鞋完成签到,获得积分10
4秒前
桐月十六完成签到 ,获得积分10
4秒前
8秒前
8秒前
CharlesL完成签到,获得积分10
10秒前
SciGPT应助lzx采纳,获得10
10秒前
安雯完成签到 ,获得积分10
10秒前
11秒前
11秒前
文静湘完成签到,获得积分10
14秒前
科研通AI2S应助兴奋千兰采纳,获得10
14秒前
15秒前
孙燕应助wang采纳,获得20
15秒前
Katherine完成签到,获得积分10
15秒前
雪白的听寒完成签到 ,获得积分10
16秒前
变式拓展发布了新的文献求助10
17秒前
木可发布了新的文献求助10
17秒前
大个应助帅男采纳,获得10
17秒前
怡然乌完成签到,获得积分10
17秒前
酷炫的幻丝完成签到 ,获得积分10
19秒前
HDM完成签到 ,获得积分10
21秒前
21秒前
luchong发布了新的文献求助10
21秒前
英俊白莲发布了新的文献求助80
28秒前
pp.gsyx完成签到,获得积分10
28秒前
luchong完成签到,获得积分10
28秒前
不是省油的灯完成签到 ,获得积分10
29秒前
sunglow11完成签到,获得积分0
29秒前
愤怒的念烟完成签到,获得积分20
30秒前
dong应助lm采纳,获得10
30秒前
菜芽君完成签到,获得积分10
30秒前
30秒前
叫个啥嘞完成签到,获得积分20
33秒前
35秒前
KKK发布了新的文献求助10
35秒前
高分求助中
A new approach to the extrapolation of accelerated life test data 1000
ACSM’s Guidelines for Exercise Testing and Prescription, 12th edition 500
‘Unruly’ Children: Historical Fieldnotes and Learning Morality in a Taiwan Village (New Departures in Anthropology) 400
Indomethacinのヒトにおける経皮吸収 400
Phylogenetic study of the order Polydesmida (Myriapoda: Diplopoda) 370
基于可调谐半导体激光吸收光谱技术泄漏气体检测系统的研究 350
Robot-supported joining of reinforcement textiles with one-sided sewing heads 320
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3989589
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3531795
关于积分的说明 11254881
捐赠科研通 3270329
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1804966
邀请新用户注册赠送积分活动 882136
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 809176