A pile of pipelines: An overview of the bioinformatics software for metabarcoding data analyses

生物 工作流程 管道(软件) 可用性 过程(计算) 数据科学 基因组 放大器 软件 计算生物学 生态学 计算机科学 数据库 遗传学 程序设计语言 聚合酶链反应 基因 人机交互
作者
Ali Hakimzadeh,Alejandro Abdala Asbun,Davide Albanese,Maria Bernard,Dominik Buchner,Benjamin J. Callahan,J. Gregory Caporaso,Emily Curd,Christophe Djemiel,Mikael Brandström Durling,Vasco Elbrecht,Zachary Gold,Hyun S. Gweon,Mehrdad Hajibabaei,Falk Hildebrand,Vladimir Mikryukov,Éric Normandeau,Ezgi Özkurt,Jonathan Palmer,Géraldine Pascal,Teresita M. Porter,Daniel Straub,Martti Vasar,Tomáš Větrovský,Haris Zafeiropoulos,Sten Anslan
出处
期刊:Molecular Ecology Resources [Wiley]
卷期号:24 (5) 被引量:18
标识
DOI:10.1111/1755-0998.13847
摘要

Abstract Environmental DNA (eDNA) metabarcoding has gained growing attention as a strategy for monitoring biodiversity in ecology. However, taxa identifications produced through metabarcoding require sophisticated processing of high‐throughput sequencing data from taxonomically informative DNA barcodes. Various sets of universal and taxon‐specific primers have been developed, extending the usability of metabarcoding across archaea, bacteria and eukaryotes. Accordingly, a multitude of metabarcoding data analysis tools and pipelines have also been developed. Often, several developed workflows are designed to process the same amplicon sequencing data, making it somewhat puzzling to choose one among the plethora of existing pipelines. However, each pipeline has its own specific philosophy, strengths and limitations, which should be considered depending on the aims of any specific study, as well as the bioinformatics expertise of the user. In this review, we outline the input data requirements, supported operating systems and particular attributes of thirty‐two amplicon processing pipelines with the goal of helping users to select a pipeline for their metabarcoding projects.
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