Genome-wide identification of mRNA 5-methylcytosine in mammals

甲基化 RNA甲基化 生物 核糖核酸 5-甲基胞嘧啶 转录组 计算生物学 信使核糖核酸 遗传学 基因组 基因 DNA甲基化 分子生物学 基因表达 甲基转移酶
作者
Tao Huang,Wanying Chen,Jianheng Liu,Nannan Gu,Rui Zhang
出处
期刊:Nature Structural & Molecular Biology [Nature Portfolio]
卷期号:26 (5): 380-388 被引量:231
标识
DOI:10.1038/s41594-019-0218-x
摘要

Accurate and systematic transcriptome-wide detection of 5-methylcytosine (m5C) has proved challenging, and there are conflicting views about the prevalence of this modification in mRNAs. Here we report an experimental and computational framework that robustly identified mRNA m5C sites and determined sequence motifs and structural features associated with the modification using a set of high-confidence sites. We developed a quantitative atlas of RNA m5C sites in human and mouse tissues based on our framework. In a given tissue, we typically identified several hundred exonic m5C sites. About 62–70% of the sites had low methylation levels ( 40% methylation). Cross-species analysis revealed that species, rather than tissue type, was the primary determinant of methylation levels, indicating strong cis-directed regulation of RNA methylation. Combined, these data provide a valuable resource for identifying the regulation and functions of RNA methylation. A quantitative atlas of RNA m5C sites in human and mouse tissues based on a new discovery pipeline allows the identification of sequence motifs and structural features associated with the modification and provides a resource for future studies.
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