亲爱的研友该休息了!由于当前在线用户较少,发布求助请尽量完整地填写文献信息,科研通机器人24小时在线,伴您度过漫漫科研夜!身体可是革命的本钱,早点休息,好梦!

Thermodynamic parameters for DNA sequences with dangling ends

碱基对 DNA 复式(建筑) 核糖核酸 生物 核苷酸 遗传学 基因
作者
Salvatore Bommarito,Nicolas Peyret,John SantaLucia
出处
期刊:Nucleic Acids Research [Oxford University Press]
卷期号:28 (9): 1929-1934 被引量:336
标识
DOI:10.1093/nar/28.9.1929
摘要

The thermodynamic contributions to duplex formation of all 32 possible single-nucleotide dangling ends on a Watson–Crick pair are reported. In most instances, dangling ends are stabilizing with free energy contributions ranging from +0.48 () to –0.96 kcal/mol (). In comparison, Watson–Crick nearest-neighbor increments range from –0.58 (TA/AT) to –2.24 (GC/CG) kcal/mol. Hence, in some cases, a dangling end contributes as much to duplex stability as a Watson–Crick A-T base pair. The implications of these results for DNA probe design are discussed. Analysis of the sequence dependence of dangling-end stabilities show that the nature of the closing base pair largely determines the stabilization. For a given closing base pair, however, adenine dangling ends are always more or equally as stable as the other dangling nucleotides. Moreover, 5′ dangling ends are more or equally as stabilizing as their 3′ counterparts. Comparison of DNA with RNA dangling-end motifs shows that DNA motifs with 5′ dangling ends contribute to stability equally or more than their RNA counterparts. Conversely, RNA 3′ dangling ends contribute to stability equally or more than their DNA counterparts. This data set has been incorporated into a DNA secondary structure prediction algorithm (DNA MFOLD) (http://mfold2.wustl.edu/~mfold/dna/form1.cgi ) as well as a DNA hybridization prediction algorithm (HyT her™) (http://jsl1.chem.wayne.edu/Hyther/hythermenu.html ).
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
冷静新烟发布了新的文献求助10
1秒前
Eden完成签到,获得积分10
2秒前
11秒前
烟花应助灵感大王喵采纳,获得200
12秒前
夏夏完成签到 ,获得积分10
15秒前
19秒前
20秒前
潘善若发布了新的文献求助10
24秒前
田様应助El采纳,获得10
26秒前
隔壁巷子里的劉完成签到 ,获得积分10
29秒前
李爱国应助潘善若采纳,获得10
33秒前
40秒前
五十一完成签到 ,获得积分10
48秒前
奇遇完成签到 ,获得积分10
49秒前
58秒前
含糊的安柏完成签到,获得积分10
1分钟前
huihongzeng发布了新的文献求助10
1分钟前
NexusExplorer应助含糊的安柏采纳,获得10
1分钟前
1分钟前
冷静新烟完成签到,获得积分20
1分钟前
冷静新烟发布了新的文献求助10
1分钟前
简单山水发布了新的文献求助10
1分钟前
Novajet完成签到,获得积分10
1分钟前
yx_cheng应助归海浩阑采纳,获得30
1分钟前
ding应助科研通管家采纳,获得10
1分钟前
1分钟前
大碗完成签到 ,获得积分10
1分钟前
桐桐应助简单山水采纳,获得10
1分钟前
1分钟前
Novajet发布了新的文献求助10
1分钟前
小碗完成签到 ,获得积分10
1分钟前
1分钟前
1分钟前
黄桂斌完成签到,获得积分10
1分钟前
许三问完成签到 ,获得积分0
1分钟前
略略完成签到,获得积分10
1分钟前
情怀应助Novajet采纳,获得10
1分钟前
小凯完成签到 ,获得积分10
1分钟前
乐乐乐乐乐乐应助Yang采纳,获得10
1分钟前
1分钟前
高分求助中
The Mother of All Tableaux: Order, Equivalence, and Geometry in the Large-scale Structure of Optimality Theory 3000
A new approach to the extrapolation of accelerated life test data 1000
ACSM’s Guidelines for Exercise Testing and Prescription, 12th edition 500
Indomethacinのヒトにおける経皮吸収 400
Phylogenetic study of the order Polydesmida (Myriapoda: Diplopoda) 370
基于可调谐半导体激光吸收光谱技术泄漏气体检测系统的研究 350
Robot-supported joining of reinforcement textiles with one-sided sewing heads 320
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3990012
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3532077
关于积分的说明 11256227
捐赠科研通 3270933
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1805139
邀请新用户注册赠送积分活动 882270
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 809228