Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM

康蒂格 序列(生物学) 参考基因组 计算机科学 顺序装配 自由序列分析 DNA测序 组分(热力学) 计算生物学 算法 基因组 序列比对 遗传学 生物 DNA 肽序列 基因 热力学 物理 基因表达 转录组
作者
Heng Li
出处
期刊:Cornell University - arXiv 被引量:4662
标识
DOI:10.6084/m9.figshare.963153.v1
摘要

Summary: BWA-MEM is a new alignment algorithm for aligning sequence reads or long query sequences against a large reference genome such as human. It automatically chooses between local and end-to-end alignments, supports paired-end reads and performs chimeric alignment. The algorithm is robust to sequencing errors and applicable to a wide range of sequence lengths from 70bp to a few megabases. For mapping 100bp sequences, BWA-MEM shows better performance than several state-of-art read aligners to date. Availability and implementation: BWA-MEM is implemented as a component of BWA, which is available at this http URL. Contact: hengli@broadinstitute.org
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