Spatial and single-cell profiling of the metabolome, transcriptome and epigenome of the aging mouse liver

表观基因组 转录组 代谢组 生物 脂类学 表型 表观遗传学 细胞生物学 电池类型 代谢组学 细胞 计算生物学 遗传学 生物信息学 DNA甲基化 基因 基因表达
作者
Chrysa Nikopoulou,Niklas Kleinenkuhnen,Swati Parekh,Tonantzi Sandoval,Christoph Ziegenhain,Farina Schneider,Patrick Giavalisco,Katelyn Donahue,Anna Juliane Vesting,Marcel Kirchner,Mihaela Bozukova,Christian Vossen,Janine Altmüller,Frank Wunderlich,Rickard Sandberg,Vangelis Kondylis,Achim Tresch,Peter Tessarz
出处
期刊:Nature Aging 卷期号:3 (11): 1430-1445 被引量:4
标识
DOI:10.1038/s43587-023-00513-y
摘要

Abstract Tissues within an organism and even cell types within a tissue can age with different velocities. However, it is unclear whether cells of one type experience different aging trajectories within a tissue depending on their spatial location. Here, we used spatial transcriptomics in combination with single-cell ATAC-seq and RNA-seq, lipidomics and functional assays to address how cells in the male murine liver are affected by age-related changes in the microenvironment. Integration of the datasets revealed zonation-specific and age-related changes in metabolic states, the epigenome and transcriptome. The epigenome changed in a zonation-dependent manner and functionally, periportal hepatocytes were characterized by decreased mitochondrial fitness, whereas pericentral hepatocytes accumulated large lipid droplets. Together, we provide evidence that changing microenvironments within a tissue exert strong influences on their resident cells that can shape epigenetic, metabolic and phenotypic outputs.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
LX完成签到,获得积分10
3秒前
3秒前
酷炫怀莲发布了新的文献求助10
3秒前
5秒前
6秒前
netrandwalk发布了新的文献求助30
6秒前
charles发布了新的文献求助10
8秒前
volvoamg发布了新的文献求助10
9秒前
高高的汝燕完成签到,获得积分10
10秒前
10秒前
小王发布了新的文献求助10
11秒前
12秒前
李加威完成签到 ,获得积分10
12秒前
12秒前
12秒前
平淡尔琴完成签到,获得积分10
13秒前
14秒前
科研通AI2S应助明天过后采纳,获得10
15秒前
良猫发布了新的文献求助10
16秒前
希望天下0贩的0应助717采纳,获得10
16秒前
优秀夜梅完成签到,获得积分10
16秒前
17秒前
善学以致用应助小王采纳,获得10
17秒前
18秒前
1122334455完成签到,获得积分10
19秒前
善良的焦发布了新的文献求助10
19秒前
Jayden完成签到 ,获得积分10
20秒前
Xltox完成签到,获得积分10
22秒前
隔壁老王完成签到,获得积分10
22秒前
23秒前
23秒前
科研通AI2S应助qrj采纳,获得10
23秒前
小王完成签到,获得积分10
25秒前
26秒前
27秒前
NexusExplorer应助aefs采纳,获得10
30秒前
火星仙人掌完成签到,获得积分20
34秒前
臻灏完成签到,获得积分10
35秒前
35秒前
38秒前
高分求助中
The ACS Guide to Scholarly Communication 2500
Sustainability in Tides Chemistry 2000
Pharmacogenomics: Applications to Patient Care, Third Edition 1000
Studien zur Ideengeschichte der Gesetzgebung 1000
TM 5-855-1(Fundamentals of protective design for conventional weapons) 1000
Genera Insectorum: Mantodea, Fam. Mantidæ, Subfam. Hymenopodinæ (Classic Reprint) 800
Ethnicities: Media, Health, and Coping 700
热门求助领域 (近24小时)
化学 医学 生物 材料科学 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 基因 遗传学 催化作用 物理化学 免疫学 量子力学 细胞生物学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3086199
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2739042
关于积分的说明 7552885
捐赠科研通 2388936
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1266730
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 613551
版权声明 598592