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Enhanced detection of RNA modifications and read mapping with high-accuracy nanopore RNA basecalling models

生物 核糖核酸 计算生物学 纳米孔测序 遗传学 基因 DNA测序
作者
Gregor Diensthuber,Leszek P. Pryszcz,Laia Llovera,Morghan C. Lucas,Anna Delgado-Tejedor,Sonia Cruciani,Jean‐Yves Roignant,Oguzhan Begik,Eva Maria Novoa
出处
期刊:Genome Research [Cold Spring Harbor Laboratory]
卷期号:34 (11): 1865-1877 被引量:10
标识
DOI:10.1101/gr.278849.123
摘要

In recent years, nanopore direct RNA sequencing (DRS) became a valuable tool for studying the epitranscriptome, owing to its ability to detect multiple modifications within the same full-length native RNA molecules. Although RNA modifications can be identified in the form of systematic basecalling "errors" in DRS data sets,

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