Identification of long non-protein coding RNAs in chicken skeletal muscle using next generation sequencing

生物 计算生物学 基因 基因组 非编码RNA 遗传学 核糖核酸 编码 基因间区 长非编码RNA 小RNA 转录组 基因表达
作者
Tingting Li,Suya Wang,Rimao Wu,Xueya Zhou,Dahai Zhu,Yong Zhang
出处
期刊:Genomics [Elsevier BV]
卷期号:99 (5): 292-298 被引量:139
标识
DOI:10.1016/j.ygeno.2012.02.003
摘要

Vertebrate genomes encode thousands of non-coding RNAs including short non-coding RNAs (such as microRNAs) and long non-coding RNAs (lncRNAs). Chicken (Gallus gallus) is an important model organism for developmental biology, and the recently assembled genome sequences for chicken will facilitate the understanding of the functional roles of non-coding RNA genes during development. The present study concerns the first systematic identification of lncRNAs using RNA-Seq to sample the transcriptome during chicken muscle development. A computational approach was used to identify 281 new intergenic lncRNAs in the chicken genome. Novel lncRNAs in general are less conserved than protein-coding genes and slightly more conserved than random non-coding sequences. The present study has provided an initial chicken lncRNA catalog and greatly increased the number of chicken ncRNAs in the non-protein coding RNA database. Furthermore, the computational pipeline presented in the current work will be useful for characterizing lncRNAs obtained from deep sequencing data.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
吴子宇发布了新的文献求助10
刚刚
journey完成签到 ,获得积分10
2秒前
5秒前
乖猫要努力应助潇湘雪月采纳,获得10
8秒前
一行发布了新的文献求助10
8秒前
storm完成签到,获得积分10
11秒前
HOPE完成签到,获得积分20
12秒前
Singularity应助Xiaoyang采纳,获得10
14秒前
ding应助快乐一江采纳,获得10
14秒前
15秒前
步一完成签到,获得积分10
16秒前
19秒前
情怀应助科研通管家采纳,获得10
19秒前
SYLH应助科研通管家采纳,获得10
19秒前
SYLH应助科研通管家采纳,获得10
20秒前
烟花应助科研通管家采纳,获得10
20秒前
在水一方应助科研通管家采纳,获得10
20秒前
dongjy应助科研通管家采纳,获得150
20秒前
Owen应助科研通管家采纳,获得10
20秒前
fd163c应助科研通管家采纳,获得10
20秒前
大模型应助科研通管家采纳,获得10
20秒前
SciGPT应助科研通管家采纳,获得10
20秒前
Owen应助科研通管家采纳,获得10
20秒前
20秒前
愉快的牛氓完成签到 ,获得积分10
22秒前
恋雅颖月应助潇湘雪月采纳,获得10
24秒前
26秒前
传奇3应助热情青亦采纳,获得10
27秒前
CodeCraft应助夕沫采纳,获得10
28秒前
江江发布了新的文献求助10
31秒前
斯文败类应助sirhai采纳,获得10
33秒前
只谈风月完成签到,获得积分10
34秒前
顾矜应助哈哈呵采纳,获得10
35秒前
科研助手6应助风中的南风采纳,获得10
35秒前
小马甲应助呆瓜采纳,获得10
35秒前
36秒前
热情青亦完成签到,获得积分10
36秒前
36秒前
37秒前
37秒前
高分求助中
A new approach to the extrapolation of accelerated life test data 1000
ACSM’s Guidelines for Exercise Testing and Prescription, 12th edition 500
‘Unruly’ Children: Historical Fieldnotes and Learning Morality in a Taiwan Village (New Departures in Anthropology) 400
Indomethacinのヒトにおける経皮吸収 400
Phylogenetic study of the order Polydesmida (Myriapoda: Diplopoda) 370
基于可调谐半导体激光吸收光谱技术泄漏气体检测系统的研究 350
Robot-supported joining of reinforcement textiles with one-sided sewing heads 320
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3989390
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3531487
关于积分的说明 11254109
捐赠科研通 3270153
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1804887
邀请新用户注册赠送积分活动 882087
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 809174