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Integrating programmable DNAzymes with electrical readout for rapid and culture-free bacterial detection using a handheld platform

脱氧核酶 移动设备 检出限 化学 计算机硬件 纳米技术 色谱法 计算机科学 材料科学 操作系统
作者
Richa Pandey,Dingran Chang,Marek Smieja,Todd Hoare,Yingfu Li,Leyla Soleymani
出处
期刊:Nature Chemistry [Springer Nature]
卷期号:13 (9): 895-901 被引量:92
标识
DOI:10.1038/s41557-021-00718-x
摘要

The detection and identification of bacteria currently rely on enrichment steps such as bacterial culture and nucleic acid amplification to increase the concentration of target analytes. These steps increase assay time, cost and complexity, making it difficult to realize a truly rapid point-of-care test. Here we report the development of an electrical assay that uses electroactive RNA-cleaving DNAzymes (e-RCDs) to identify specific bacterial targets and subsequently release a DNA barcode for transducing a signal onto an electrical chip. Integrating e-RCDs into a two-channel electrical chip with nanostructured electrodes provides the analytical sensitivity and specificity needed for clinical analysis. The e-RCD assay is capable of detecting 10 CFU (equivalent to 1,000 CFU ml–1) of Escherichia coli selectively from a panel containing multiple non-specific bacterial species. Clinical evaluation of this assay using 41 patient urine samples demonstrated a diagnostic sensitivity of 100% and specificity of 78% at an analysis time of less than one hour compared with the several hours needed for currently used culture-based methods. Methods to detect and identify bacteria typically rely on enrichment steps such as bacterial culture and nucleic acid amplification. Now, an assay for detecting bacteria based on a two-channel electrical chip that combines electroactive DNAzymes with an electrochemical readout, has been developed. This assay enables reagentless and culture-free detection of bacteria in clinical samples.
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