Cell-free DNA methylome profiling by MBD-seq with ultra-low input.

表观遗传学 差异甲基化区 表观遗传学 表观基因组 转录组 染色质 DNA去甲基化 甲基化DNA免疫沉淀 RNA序列 照明菌甲基化试验 基因组 基因表达谱 基因 重编程 遗传学
作者
Jinyong Huang,Alex C. Soupir,Liang Wang
出处
期刊:Epigenetics [Landes Bioscience]
卷期号:: 1-14 被引量:2
标识
DOI:10.1080/15592294.2021.1896984
摘要

Methylation signatures in cell-free DNA (cfDNA) have shown great sensitivity and specificity in the characterization of tumour status and classification of tumour types, as well as the response to therapy and recurrence. Currently, most cfDNA methylation studies are based on bisulphite conversion, especially targeted bisulphite sequencing, while enrichment-based methods such as cfMeDIP-seq are beginning to show potential. Here, we report an enrichment-based ultra-low input cfDNA methylation profiling method using methyl-CpG binding proteins capture, termed cfMBD-seq. We optimized the conditions for cfMBD capture by adjusting the amount of MethylCap protein along with using methylated filler DNA. Our data show high correlation between low input cfMBD-seq and standard MBD-seq (>1000 ng input). When compared to cfMEDIP-seq, cfMBD-seq demonstrates higher sequencing data quality with more sequenced reads passed filter and less duplicate rate. cfMBD-seq also outperforms cfMeDIP-seq in the enrichment of CpG islands. This new bisulphite-free ultra-low input methylation profiling technology has great potential in non-invasive and cost-effective cancer detection and classification.

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