A Deep Learning Approach to DNA Sequence Classification

人工智能 计算机科学 深度学习 支持向量机 人工神经网络 朴素贝叶斯分类器 随机森林 模式识别(心理学) 序列(生物学) 机器学习 序列学习 遗传学 生物
作者
Riccardo Rizzo,Antonino Fiannaca,Massimo La Rosa,Alfonso Urso
出处
期刊:Lecture Notes in Computer Science 卷期号:: 129-140 被引量:53
标识
DOI:10.1007/978-3-319-44332-4_10
摘要

Deep learning neural networks are capable to extract significant features from raw data, and to use these features for classification tasks. In this work we present a deep learning neural network for DNA sequence classification based on spectral sequence representation. The framework is tested on a dataset of 16S genes and its performances, in terms of accuracy and F1 score, are compared to the General Regression Neural Network, already tested on a similar problem, as well as naive Bayes, random forest and support vector machine classifiers. The obtained results demonstrate that the deep learning approach outperformed all the other classifiers when considering classification of small sequence fragment 500 bp long.
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