Genome mining for ribosomally synthesized and post-translationally modified peptides (RiPPs) in Streptomyces bacteria

链霉菌 基因组 细菌 计算生物学 生物 基因 化学 生物化学 遗传学
作者
Abdullah Al Mamun,Khorshed Alam,Farjana Akter Koly,Farjana Showline Chaity,Jannatul Ferdous,Saiful Islam
出处
期刊:Journal of Asian Natural Products Research [Taylor & Francis]
卷期号:: 1-14
标识
DOI:10.1080/10286020.2024.2390510
摘要

Ribosomally synthesized post-translationally modified peptides (RiPPs) are a novel category of bioactive natural products (NPs). Streptomyces bacteria are a potential source of many bioactive NPs. Limited opportunities are available to characterize all the bioactive NP gene clusters. In this study, 410 sequences of Streptomyces were analyzed for RiPPs through genome mining using the National Center for Biotechnology Information (NCBI), by combining BAGEL and anti-SMASH. A total of 4098 RiPPs were found; including both classified (lanthipeptide, RiPP-like, bacteriocin, LAPs, lassopeptide, thiopeptides) and nonclassified RiPPs. Soil was identified as a rich habitat for RiPPs. These data may offer alternative future remedies for various health issues.
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