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Dysbiosis of oropharyngeal microbiome and antibiotic resistance in hospitalized COVID‐19 patients

微生物群 失调 发病机制 基因组 抗生素耐药性 抗生素 生物 免疫学 微生物学 生物信息学 基因 遗传学
作者
Jiani Wu,Wei Liu,Lin Zhu,Nina Li,Geng-yan Luo,Ming Gu,Min-Wu Peng,Shike Zeng,Shu Wu,Shengze Zhang,Qiqi Chen,Meiqi Cai,Wei Cao,Ying Jiang,Chuming Luo,Dechao Tian,Mǎng Shī,Yuelong Shu,Guohui Chang,Huanle Luo
出处
期刊:Journal of Medical Virology [Wiley]
卷期号:95 (4) 被引量:3
标识
DOI:10.1002/jmv.28727
摘要

The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) pandemic is ongoing and multiple studies have elucidated its pathogenesis, however, the related- microbiome imbalance caused by SARS-CoV-2 is still not clear. In this study, we have comprehensively compared the microbiome composition and associated function alterations in the oropharyngeal swabs of healthy controls and coronavirus disease 2019 (COVID-19) patients with moderate or severe symptoms by metatranscriptomic sequencing. We did observe a reduced microbiome alpha-diversity but significant enrichment of opportunistic microorganisms in patients with COVID-19 compared with healthy controls, and the microbial homeostasis was rebuilt following the recovery of COVID-19 patients. Correspondingly, less functional genes in multiple biological processes and weakened metabolic pathways such as carbohydrate metabolism, energy metabolism were also observed in COVID-19 patients. We only found higher relative abundance of limited genera such as Lachnoanaerobaculum between severe patients and moderate patients while no worthy-noting microbiome diversity and function alteration were observed. Finally, we noticed that the co-occurrence of antibiotic resistance and virulence was closely related to the microbiome alteration caused by SRAS-CoV-2. Overall, our findings demonstrate that microbial dysbiosis may enhance the pathogenesis of SARS-CoV-2 and the antibiotics treatment should be critically considered.
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