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Simulating cancer growth with multiscale agent-based modeling

多尺度建模 生物信息学 癌症 计算机科学 癌细胞 转移 过程(计算) 适应(眼睛) 基于Agent的模型 血管生成 计算生物学 生物 生物信息学 神经科学 人工智能 癌症研究 遗传学 操作系统 基因
作者
Zhihui Wang,Joseph D. Butner,Romica Kerketta,Vittorio Cristini,Thomas S. Deisboeck
出处
期刊:Seminars in Cancer Biology [Elsevier]
卷期号:30: 70-78 被引量:178
标识
DOI:10.1016/j.semcancer.2014.04.001
摘要

There have been many techniques developed in recent years to in silico model a variety of cancer behaviors. Agent-based modeling is a specific discrete-based hybrid modeling approach that allows simulating the role of diversity in cell populations as well as within each individual cell; it has therefore become a powerful modeling method widely used by computational cancer researchers. Many aspects of tumor morphology including phenotype-changing mutations, the adaptation to microenvironment, the process of angiogenesis, the influence of extracellular matrix, reactions to chemotherapy or surgical intervention, the effects of oxygen and nutrient availability, and metastasis and invasion of healthy tissues have been incorporated and investigated in agent-based models. In this review, we introduce some of the most recent agent-based models that have provided insight into the understanding of cancer growth and invasion, spanning multiple biological scales in time and space, and we further describe several experimentally testable hypotheses generated by those models. We also discuss some of the current challenges of multiscale agent-based cancer models.
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