Integrating CRISPR-Cas12a and rolling circle-amplified G-quadruplex for naked-eye fluorescent “off-on” detection of citrus Alternaria

清脆的 肉眼 链格孢 荧光 生物 底漆(化妆品) 化学 植物 遗传学 基因 光学 物理 有机化学
作者
Lanrui Ma,Longyingzi Xie,Qi Wu,Lu Yang,Yan Zhou,Yongliang Cui,Yaohai Zhang,Bining Jiao,Chengqiu Wang,Yue He
出处
期刊:International Journal of Biological Macromolecules [Elsevier]
卷期号:262: 129983-129983 被引量:6
标识
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.129983
摘要

Alternaria is a plant pathogen that spreads globally and is prone to causing citrus brown spot disease and metabolizing mycotoxins, thus seriously hindering the development of this economic crop industry. Herein, a "label-free" and "turn on" visual fluorescent assay for citrus Alternaria based on CRISPR-Cas12a and rolling circle amplification (RCA) was described. Using ssDNA complementary to RCA primer as a trans-cleavage substrate for CRISPR-Cas12a, the two systems of CRISPR-Cas12a and RCA-amplified G-quadruplex were skillfully integrated. By using a portable light source for excitation, the positive sample produced obvious red fluorescence, while the negative sample remained almost colorless, making them easy to differentiate with the naked eye. In addition, the specificity was demonstrated by distinguishing Alternaria from other citrus disease related pathogens. Moreover, the practicality was verified by analyzing cultured Alternaria and Alternaria in actual citrus leaf and fruit samples. Therefore, this method may contribute to the on-site diagnosis of Alternaria.
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