亲爱的研友该休息了!由于当前在线用户较少,发布求助请尽量完整的填写文献信息,科研通机器人24小时在线,伴您度过漫漫科研夜!身体可是革命的本钱,早点休息,好梦!

Three Differential Expression Analysis Methods for RNA Sequencing: limma, EdgeR, DESeq2

生物 负二项分布 计算生物学 计算机科学 统计 数学 泊松分布
作者
Shiyi Liu,Zitao Wang,Ronghui Zhu,Feiyan Wang,Yanxiang Cheng,Yeqiang Liu
出处
期刊:Journal of Visualized Experiments [MyJoVE Corporation]
卷期号: (175) 被引量:146
标识
DOI:10.3791/62528
摘要

RNA sequencing (RNA-seq) is one of the most widely used technologies in transcriptomics as it can reveal the relationship between the genetic alteration and complex biological processes and has great value in diagnostics, prognostics, and therapeutics of tumors. Differential analysis of RNA-seq data is crucial to identify aberrant transcriptions, and limma, EdgeR and DESeq2 are efficient tools for differential analysis. However, RNA-seq differential analysis requires certain skills with R language and the ability to choose an appropriate method, which is lacking in the curriculum of medical education. Herein, we provide the detailed protocol to identify differentially expressed genes (DEGs) between cholangiocarcinoma (CHOL) and normal tissues through limma, DESeq2 and EdgeR, respectively, and the results are shown in volcano plots and Venn diagrams. The three protocols of limma, DESeq2 and EdgeR are similar but have different steps among the processes of the analysis. For example, a linear model is used for statistics in limma, while the negative binomial distribution is used in edgeR and DESeq2. Additionally, the normalized RNA-seq count data is necessary for EdgeR and limma but is not necessary for DESeq2. Here, we provide a detailed protocol for three differential analysis methods: limma, EdgeR and DESeq2. The results of the three methods are partly overlapping. All three methods have their own advantages, and the choice of method only depends on the data.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
豆子应助科研通管家采纳,获得10
16秒前
豆子应助科研通管家采纳,获得30
16秒前
小马甲应助科研通管家采纳,获得10
16秒前
16秒前
39秒前
长于宽完成签到 ,获得积分10
43秒前
51秒前
56秒前
平常山河完成签到 ,获得积分10
1分钟前
1分钟前
ZQ完成签到 ,获得积分10
1分钟前
cyw9608发布了新的文献求助30
2分钟前
阉太狼完成签到,获得积分10
2分钟前
酷波er应助morena采纳,获得10
2分钟前
褚友菱完成签到 ,获得积分10
2分钟前
FashionBoy应助lew采纳,获得20
2分钟前
cyw9608完成签到,获得积分10
3分钟前
英姑应助Cola采纳,获得10
3分钟前
3分钟前
3分钟前
Cola发布了新的文献求助10
3分钟前
饱满跳跳糖完成签到,获得积分10
3分钟前
Cola完成签到,获得积分20
3分钟前
斯文败类应助Andrew采纳,获得10
3分钟前
3分钟前
morena发布了新的文献求助10
3分钟前
3分钟前
清枫发布了新的文献求助10
3分钟前
leeking发布了新的文献求助50
4分钟前
田様应助科研通管家采纳,获得10
4分钟前
Leila完成签到 ,获得积分10
4分钟前
落沧完成签到 ,获得积分10
4分钟前
4分钟前
周肥发布了新的文献求助10
4分钟前
5分钟前
自由的梦露完成签到 ,获得积分10
5分钟前
5分钟前
爽爽完成签到 ,获得积分10
5分钟前
脑洞疼应助morena采纳,获得10
5分钟前
肥肥完成签到 ,获得积分10
5分钟前
高分求助中
Sustainability in Tides Chemistry 2000
The ACS Guide to Scholarly Communication 2000
Studien zur Ideengeschichte der Gesetzgebung 1000
TM 5-855-1(Fundamentals of protective design for conventional weapons) 1000
Threaded Harmony: A Sustainable Approach to Fashion 810
Pharmacogenomics: Applications to Patient Care, Third Edition 800
Gerard de Lairesse : an artist between stage and studio 500
热门求助领域 (近24小时)
化学 医学 生物 材料科学 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 基因 遗传学 催化作用 物理化学 免疫学 量子力学 细胞生物学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3077689
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2730504
关于积分的说明 7513090
捐赠科研通 2378718
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1261415
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 611520
版权声明 597255