Longitudinal single-cell RNA-seq analysis reveals stress-promoted chemoresistance in metastatic ovarian cancer

化疗 间质细胞 卵巢癌 癌症研究 转录组 旁分泌信号 单细胞分析 癌症 肿瘤科 生物 浆液性液体 医学 细胞 内科学 基因 基因表达 遗传学 受体
作者
Kaiyang Zhang,Erdoğan Pekcan Erkan,Sanaz Jamalzadeh,Jun Dai,Noora Andersson,Katja Kaipio,Tarja Lamminen,Naziha Mansuri,Kaisa Huhtinen,Olli Carpén,Sakari Hietanen,Jaana Oikkonen,Johanna Hynninen,Anni Virtanen,Antti Häkkinen,Sampsa Hautaniemi,Anna Vähärautio
出处
期刊:Science Advances [American Association for the Advancement of Science (AAAS)]
卷期号:8 (8) 被引量:92
标识
DOI:10.1126/sciadv.abm1831
摘要

Chemotherapy resistance is a critical contributor to cancer mortality and thus an urgent unmet challenge in oncology. To characterize chemotherapy resistance processes in high-grade serous ovarian cancer, we prospectively collected tissue samples before and after chemotherapy and analyzed their transcriptomic profiles at a single-cell resolution. After removing patient-specific signals by a novel analysis approach, PRIMUS, we found a consistent increase in stress-associated cell state during chemotherapy, which was validated by RNA in situ hybridization and bulk RNA sequencing. The stress-associated state exists before chemotherapy, is subclonally enriched during the treatment, and associates with poor progression-free survival. Co-occurrence with an inflammatory cancer–associated fibroblast subtype in tumors implies that chemotherapy is associated with stress response in both cancer cells and stroma, driving a paracrine feed-forward loop. In summary, we have found a resistant state that integrates stromal signaling and subclonal evolution and offers targets to overcome chemotherapy resistance.
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