亲爱的研友该休息了!由于当前在线用户较少,发布求助请尽量完整地填写文献信息,科研通机器人24小时在线,伴您度过漫漫科研夜!身体可是革命的本钱,早点休息,好梦!

A comprehensive survey of dimensionality reduction and clustering methods for single-cell and spatial transcriptomics data

聚类分析 转录组 降维 生物 鉴定(生物学) 计算生物学 空间分析 可视化 计算机科学 数据挖掘 人工智能 遗传学 基因 基因表达 植物 遥感 地质学
作者
Yidi Sun,Lingling Kong,Jiayi Huang,Hongyan Deng,Xinling Bian,Xingfeng Li,Feifei Cui,Lijun Dou,Chen Cao,Quan Zou,Zilong Zhang
出处
期刊:Briefings in Functional Genomics [Oxford University Press]
被引量:3
标识
DOI:10.1093/bfgp/elae023
摘要

In recent years, the application of single-cell transcriptomics and spatial transcriptomics analysis techniques has become increasingly widespread. Whether dealing with single-cell transcriptomic or spatial transcriptomic data, dimensionality reduction and clustering are indispensable. Both single-cell and spatial transcriptomic data are often high-dimensional, making the analysis and visualization of such data challenging. Through dimensionality reduction, it becomes possible to visualize the data in a lower-dimensional space, allowing for the observation of relationships and differences between cell subpopulations. Clustering enables the grouping of similar cells into the same cluster, aiding in the identification of distinct cell subpopulations and revealing cellular diversity, providing guidance for downstream analyses. In this review, we systematically summarized the most widely recognized algorithms employed for the dimensionality reduction and clustering analysis of single-cell transcriptomic and spatial transcriptomic data. This endeavor provides valuable insights and ideas that can contribute to the development of novel tools in this rapidly evolving field.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
汉堡包应助wen采纳,获得10
17秒前
秋天完成签到,获得积分10
27秒前
汉堡包应助科研通管家采纳,获得10
43秒前
43秒前
44秒前
NexusExplorer应助Luo采纳,获得10
45秒前
56秒前
Luo发布了新的文献求助10
1分钟前
wintersss完成签到,获得积分10
1分钟前
1分钟前
Plum22发布了新的文献求助20
1分钟前
廖庭毅发布了新的文献求助10
1分钟前
1分钟前
1分钟前
山是山三十三完成签到 ,获得积分10
2分钟前
核桃发布了新的文献求助10
2分钟前
斯文败类应助科研通管家采纳,获得10
2分钟前
NexusExplorer应助科研通管家采纳,获得10
2分钟前
杨怂怂完成签到 ,获得积分10
3分钟前
3分钟前
3分钟前
朱朱子完成签到 ,获得积分10
4分钟前
Akim应助科研通管家采纳,获得10
4分钟前
GingerF应助科研通管家采纳,获得100
4分钟前
传奇3应助科研通管家采纳,获得10
4分钟前
4分钟前
4分钟前
4分钟前
Plum22发布了新的文献求助20
4分钟前
HAG完成签到,获得积分20
5分钟前
Perry完成签到,获得积分10
5分钟前
江枫渔火完成签到 ,获得积分10
6分钟前
MchemG应助科研通管家采纳,获得10
6分钟前
闫雪完成签到,获得积分10
6分钟前
6分钟前
闫雪发布了新的文献求助10
6分钟前
Plum22发布了新的文献求助20
7分钟前
直觉应助闫雪采纳,获得10
7分钟前
蚂蚁踢大象完成签到 ,获得积分10
7分钟前
hgsgeospan完成签到,获得积分10
8分钟前
高分求助中
The Mother of All Tableaux: Order, Equivalence, and Geometry in the Large-scale Structure of Optimality Theory 3000
A new approach to the extrapolation of accelerated life test data 1000
ACSM’s Guidelines for Exercise Testing and Prescription, 12th edition 500
Indomethacinのヒトにおける経皮吸収 400
Phylogenetic study of the order Polydesmida (Myriapoda: Diplopoda) 370
基于可调谐半导体激光吸收光谱技术泄漏气体检测系统的研究 350
Robot-supported joining of reinforcement textiles with one-sided sewing heads 320
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3990105
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3532119
关于积分的说明 11256456
捐赠科研通 3271016
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1805171
邀请新用户注册赠送积分活动 882288
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 809228