Identification and Genome Characterization of a Novel Nege-like Virus Isolated from Aphids (Aphis gossypii) in Yunnan Province

生物 开放式参考框架 遗传学 病毒学 GenBank公司 基因组 RNA病毒 核糖核酸 病毒 基因 打开阅读框 肽序列
作者
Mengying Hua,Song Liu,Jiaying Wang,Jian Wu,Jimmy Gu,Shilin Huang,Weijun Duan,Fei Yan,Zhongtian Xu,Jiejun Peng
出处
期刊:International Journal of Molecular Sciences [MDPI AG]
卷期号:25 (11): 5802-5802
标识
DOI:10.3390/ijms25115802
摘要

Negeviruses are insect-specific enveloped RNA viruses that exhibit a wide geographic distribution. A novel nege-like virus, tentatively named Aphis gossypii nege-like virus (AGNLV, GenBank: OR880429.1), was isolated from aphids (Aphis gossypii) in Lijiang City, Yunnan, China. AGNLV has a genome sequence of 9258 nt (excluding the polyA tail) encoding three open reading frames (ORFs). ORF1 (7149 nt) encodes a viral methyltransferase, a viral RNA helicase, and an RNA-dependent RNA polymerase. ORF2 (1422 nt) encodes a DiSB-ORF2_chro domain and ORF3 encodes an SP24 domain. The genome sequence of AGNLV shares the highest nucleotide identity of 60.0% and 59.5% with Wuhan house centipede virus 1 (WHCV1) and Astegopteryx formosana nege-like virus (AFNLV), respectively. Phylogenetic analysis based on the RNA-dependent RNA polymerase shows that AGNLV is clustered with other negeviruses and nege-like viruses discovered in aphids, forming a distinct “unclassified clade”. Interestingly, AGNLV only encodes three ORFs, whereas AFNLV and WHCV1 have four ORFs. Structure and transmembrane domain predictions show the presence of eight alpha helices and five transmembrane helices in the AGNLV ORF3. Translational enhancement of the AGNLV 5′ UTR was similar to that of the 5′ UTR of plant viruses. Our findings provide evidence of the diversity and structure of nege-like viruses and are the first record of such a virus from a member of the genus Aphis.
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