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Cheminformatic analysis of natural product-based drugs and chemical probes

药效团 天然产物 化学 药品 杠杆(统计) 生化工程 药物发现 计算生物学 组合化学 化学空间 计算机科学 生物 立体化学 药理学 生物化学 工程类 人工智能
作者
Samantha Stone,David Newman,Steven L. Colletti,Derek S. Tan
出处
期刊:Natural Product Reports [The Royal Society of Chemistry]
卷期号:39 (1): 20-32 被引量:39
标识
DOI:10.1039/d1np00039j
摘要

Covering: 1981 to 2019Natural products continue to play a major role in drug discovery, with half of new chemical entities based structurally on a natural product. Herein, we report a cheminformatic analysis of the structural and physicochemical properties of natural product-based drugs in comparison to top-selling brand-name synthetic drugs, and a selection of chemical probes recently discovered from diversity-oriented synthesis libraries. In this analysis, natural product-based drugs covered a broad range of chemical space based on size, polarity, and three-dimensional structure. Natural product-based structures were also more prevalent in top-selling drugs of 2018 compared to 2006. Further, the drugs clustered well according to biosynthetic origins, but less so based on therapeutic classes. Macrocycles occupied distinctive and relatively underpopulated regions of chemical space, while chemical probes largely overlapped with synthetic drugs. This analysis highlights the continued opportunities to leverage natural products and their pharmacophores in modern drug discovery.
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