Simultaneous detection of enteroviruses from surface waters by real-time RT-PCR with universal primers

肠道病毒 柯萨奇病毒 脊髓灰质炎病毒 底漆(化妆品) 生物 实时聚合酶链反应 病毒学 互补DNA 聚合酶链反应 质粒 分子生物学 检出限 荧光染料 肠道病毒71 逆转录聚合酶链式反应 DNA 病毒 化学 基因 遗传学 色谱法 信使核糖核酸 有机化学
作者
Chong-Miao Zhang,Xiaochang C. Wang,Yongjun Liu,Dangcong Peng
出处
期刊:Journal of Environmental Sciences-china [Elsevier BV]
卷期号:22 (8): 1261-1266 被引量:5
标识
DOI:10.1016/s1001-0742(09)60248-5
摘要

In order to realize simultaneous quantitative detection of various enteroviruses from water samples, a real-time reverse transcription-polymerase chain reaction (real-time RT-PCR) method was developed with universal primer pairs designed based on the highly conserved non-coding region sequences of genome targeting poliovirus, coxsackievirus and enterovirus 71. The recombinant plasmid was constructed as enterovirus DNA standard by cloning poliovirus cDNA into a pMD18-T vector. The real-time RT-PCR method utilizing SYBR Green I was optimized. As a result of a series of examinations, the detection limit of the method was found to be 2.31 genome equivalent copy (GEC)/μL, the intra- and inter-assay variations were lower than 2% and 5%, respectively, and enteroviruses were well distinguished from other microorganisms. There was a good linear relationship (r2 = 0.997) between the logarithm of viral density and cycle threshold in a wide range of 2.31 × 100 to 2.31 × 109 GEC/μL. The validity of the method was further proved by its application for the detection of enteroviruses from various practical water samples.
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